PDB-1lc2: Solution Structure Of Reduced Horse Heart Cytochrome c in 30% Ace...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1lc2

タイトル

Solution Structure Of Reduced Horse Heart Cytochrome c in 30% Acetonitrile Solution, NMR 30 Structures

要素

CYTOCHROME C

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME C / ORGANIC SOLVENT

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION

データ登録者

Sivakolundu, S.G. / Mabrouk, P.A.

引用

ジャーナル: J.BIOL.INORG.CHEM. / 年: 2003
タイトル: Structure function relationship of reduced cytochrome c probed by complete solution structure determination in 30% acetonitrile/water solution
著者: Sivakolundu, S.G. / Mabrouk, P.A.

履歴

登録	2002年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1lc2.cif.gz	1023.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1lc2.ent.gz	848 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1lc2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1lc2_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1lc2_full_validation.pdf.gz	628.8 KB	表示
XML形式データ	1lc2_validation.xml.gz	48.5 KB	表示
CIF形式データ	1lc2_validation.cif.gz	81.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/1lc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/1lc2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lc1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kpf-1 2cxd-1 1x9u-2 5i2o-d 5tqs-1 6c4w-d 3o20-1 1yea-d 1giw-d 3j6c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (6) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (7)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (6)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CYTOCHROME C

ヘテロ分子

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 30	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	CYTOCHROME C / FERROCYTOCHROME C 分子量: 11725.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: heart / 参照: UniProt: P00004
#2: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細	内容: 5mM FERROCYTOCHROME C 1H; 50mM PHOSPHATE BUFFER; 70% H2O, 30% CD3CN 溶媒系: 70% H2O, 30% CD3CN
試料状態	イオン強度: 50mM / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Home-built home built / 製造業者: Home-built / モデル: home built / 磁場強度: 591.1 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
RNMR	1	David Ruben	collection
Felix	2000	MSI	解析
DYANA	1.5	Guntert, P., Mumenthaler, C. & Wuthrich, K.	構造決定
Amber	5	CASE, PEARLMAN, CALDWELL, CHEATHAM III, ROSS, SIMMERLING, DARDEN, MERZ, STANTON, CHENG, VINCENT, CROWLEY, FERGUSON, RADMER, SEIBEL, SINGH, WEINER, KOLLMAN	精密化
Amber	5		構造決定

精密化

手法: SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 2232 NOE-based distance restraints and 73 dihedral angle restraints

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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