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- PDB-1lbu: HYDROLASE METALLO (ZN) DD-PEPTIDASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lbu
タイトルHYDROLASE METALLO (ZN) DD-PEPTIDASE
要素MURAMOYL-PENTAPEPTIDE CARBOXYPEPTIDASE
キーワードHYDROLASE / NUCLEAR RECEPTOR / CARBOXYPEPTIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


zinc D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / zinc D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / cell wall organization / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M15A, C-terminal / Peptidase M15 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / PGBD superfamily / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain ...Peptidase M15A, C-terminal / Peptidase M15 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 / PGBD-like superfamily/PGBD / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / PGBD superfamily / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces albus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Charlier, P. / Wery, J.-P. / Dideberg, O. / Frere, J.-M.
引用
ジャーナル: Handbook of Metalloproteins / 年: 2004
タイトル: Streptomyces Albus G D-Ala-A-Ala Carboxypeptidase
著者: Charlier, P. / Wery, J.-P. / Dideberg, O. / Frere, J.-M.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1994
タイトル: Binding Site-Shaped Repeated Sequences of Bacterial Wall Peptidoglycan Hydrolases
著者: Ghuysen, J.M. / Lamotte-Brasseur, J. / Joris, B. / Shockman, G.D.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: Structure of a Zn2+-Containing D-Alanyl-D-Alanine-Cleaving Carboxypeptidase at 2.5 A Resolution
著者: Dideberg, O. / Charlier, P. / Dive, G. / Joris, B. / Frere, J.M. / Ghuysen, J.M.
履歴
登録1996年3月16日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MURAMOYL-PENTAPEPTIDE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2502
ポリマ－22,1841
非ポリマー651
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.080, 49.700, 38.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MURAMOYL-PENTAPEPTIDE CARBOXYPEPTIDASE


分子量: 22184.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces albus (バクテリア) / 株: G / 参照: UniProt: P00733, EC: 3.4.17.8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MURAMOYL-PENTAPEPTIDE CARBOXYPEPTIDASE HYDROLYSES INSOLUBLE PEPTIDOGLYCAN CLEAVAGE OF UDP-N- ...MURAMOYL-PENTAPEPTIDE CARBOXYPEPTIDASE HYDROLYSES INSOLUBLE PEPTIDOGLYCAN CLEAVAGE OF UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D- GAMMA-GLUTAMYL-CARBOXY-L-LYSYL-D-ALANYL-|-D-ALANINE.
Has protein modificationY
配列の詳細THE FIRST AMINO ACID OF THE NATIVE PROTEIN IS ASP 1 WHICH IS PARTIALLY BLOCKED IN THIS STRUCTURE AS ...THE FIRST AMINO ACID OF THE NATIVE PROTEIN IS ASP 1 WHICH IS PARTIALLY BLOCKED IN THIS STRUCTURE AS A RESULT OF THE CYCLIZATION OF THE FIRST TWO AMINO ACIDS INTO ANHYDROASPARTYLGLYCINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 15460 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 2
詳細: AMINO ACIDS 43 - 109 ARE SIMILAR TO AMINO ACIDS 194 - 261 OF B. SUBTILIS AUTOLYSIN.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.164 --
obs-12633 84 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1555 0 1 229 1785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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