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- PDB-1lbs: LIPASE (E.C.3.1.1.3) (TRIACYLGLYCEROL HYDROLASE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lbs
タイトルLIPASE (E.C.3.1.1.3) (TRIACYLGLYCEROL HYDROLASE)
要素LIPASE B
キーワードHYDROLASE (CARBOXYLIC ESTERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-HEXYLPHOSPHONATE ETHYL ESTER / Lipase B
類似検索 - 構成要素
生物種Candida antarctica (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Uppenberg, J. / Jones, T.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Crystallographic and molecular-modeling studies of lipase B from Candida antarctica reveal a stereospecificity pocket for secondary alcohols.
著者: Uppenberg, J. / Ohrner, N. / Norin, M. / Hult, K. / Kleywegt, G.J. / Patkar, S. / Waagen, V. / Anthonsen, T. / Jones, T.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of Lipase B from Candida Antarctica
著者: Uppenberg, J. / Patkar, S. / Bergfors, T. / Jones, T.A.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: The Sequence, Crystal Structure Determination and Refinement of Two Crystal Forms of Lipase B from Candida Antarctica
著者: Uppenberg, J. / Hansen, M.T. / Patkar, S. / Jones, T.A.
履歴
登録1995年7月11日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPASE B
B: LIPASE B
C: LIPASE B
D: LIPASE B
E: LIPASE B
F: LIPASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,95318
ポリマ－198,2416
非ポリマー3,71212
水1,65792
1
A: LIPASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6593
ポリマ－33,0401
非ポリマー6192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LIPASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6593
ポリマ－33,0401
非ポリマー6192
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: LIPASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6593
ポリマ－33,0401
非ポリマー6192
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: LIPASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6593
ポリマ－33,0401
非ポリマー6192
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: LIPASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6593
ポリマ－33,0401
非ポリマー6192
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: LIPASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6593
ポリマ－33,0401
非ポリマー6192
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)229.500, 95.600, 86.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 70 / 2: CIS PROLINE - PRO 192
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99935, -0.035999, 0.002023), (-0.035984, -0.99933, -0.006758), (0.002265, 0.006681, -0.999975)-0.1363, 1.7031, 43.2399
2given(-1, 1.0E-6, 2.0E-6), (1.0E-6, 1, 2.0E-6), (-2.0E-6, 2.0E-6, -1)152.9993, 0.0004, 57.8644
3given(-0.99935, 0.035991, -0.002025), (-0.035977, -0.99933, -0.006761), (-0.002267, -0.006684, 0.999975)153.13699, 1.702, 14.625
4given(-0.99935, 0.035998, -0.002024), (-0.035983, -0.99933, -0.00676), (-0.002266, -0.006683, 0.999975)76.6369, 1.7032, -14.308
5given(-1, -1.0E-6, 2.0E-6), (-1.0E-6, 1, 1.0E-6), (-2.0E-6, 1.0E-6, -1)76.5003, 28.9318
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 1 .. A 317 ? 1 .. ? 317 M2 A 1 .. A 317 ? 1 .. ? 317 M3 A 1 .. A 317 ? 1 .. ? 317 M4 A 1 .. A 317 ? 1 .. ? 317 M5 A 1 .. A 317 ? 1 .. ? 317

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要素

#1: タンパク質
LIPASE B / TRIACYLGLYCEROL HYDROLASE


分子量: 33040.238 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida antarctica (菌類) / 参照: UniProt: P41365, triacylglycerol lipase
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-HEE / N-HEXYLPHOSPHONATE ETHYL ESTER


分子量: 194.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19O3P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化詳細: THIS STRUCTURE WAS BUILT USING DATA COLLECTED ON ONE CRYSTAL. THE CRYSTAL SUFFERED FROM MEROHEDRAL TWINNING, WHERE TWO TWIN COMPONENTS CONTRIBUTE TO DIFFERENT DEGREES TO THE DIFFRACTION ...詳細: THIS STRUCTURE WAS BUILT USING DATA COLLECTED ON ONE CRYSTAL. THE CRYSTAL SUFFERED FROM MEROHEDRAL TWINNING, WHERE TWO TWIN COMPONENTS CONTRIBUTE TO DIFFERENT DEGREES TO THE DIFFRACTION INTENSITIES. THE DATA SET WAS MODIFIED TO REMOVE THE CONTRIBUTION FROM THE MINOR TWIN COMPONENT, BEFORE THE REFINEMENT. THE MODIFICATION IS CARRIED OUT BY REMOVAL OF SOME REFLECTIONS AND BY INTENSITY CORRECTIONS OF OTHERS. THE DEPOSITED STRUCTURE FACTORS HAVE BEEN MODIFIED.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.3 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 Msodium citrate1reservoir
310 %dioxane1reservoir
47.1 mg/mlprotein1drop
50.57 %beta-octylglucoside1drop
60.19 Mammonium sulfate1drop
70.014 Msodium citrate1drop
81.4 %dioxane1drop

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年5月20日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 26271 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射
*PLUS
Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 55714 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.69 Å / % possible obs: 55 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 5.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESデータ収集
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
MADNESデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.6→7.5 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 --
Rwork0.193 --
obs0.193 15621 82.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 17.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13944 0 234 92 14270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.9
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.69 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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