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- PDB-1lb5: TRAF6-RANK Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lb5
タイトルTRAF6-RANK Complex
要素
  • TNF receptor-associated factor 6
  • receptor activator of nuclear factor-kappa B
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRAF6-RANK complex
機能・相同性
機能・相同性情報


multinuclear osteoclast differentiation / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / circadian temperature homeostasis / tumor necrosis factor receptor activity / protein kinase B binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / interleukin-17-mediated signaling pathway ...multinuclear osteoclast differentiation / positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / circadian temperature homeostasis / tumor necrosis factor receptor activity / protein kinase B binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / interleukin-17-mediated signaling pathway / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / protein branched polyubiquitination / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway / CD40 receptor complex / cellular response to zinc ion starvation / activation of protein kinase activity / myeloid dendritic cell differentiation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / Regulated proteolysis of p75NTR / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / ubiquitin conjugating enzyme binding / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / T-helper 1 type immune response / toll-like receptor 4 signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to cytokine stimulus / cytokine binding / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / odontogenesis of dentin-containing tooth / monocyte chemotaxis / TRAF6 mediated NF-kB activation / response to tumor necrosis factor / positive regulation of JUN kinase activity / autophagosome assembly / mammary gland alveolus development / protein K63-linked ubiquitination / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type I interferon production / lymph node development / positive regulation of bone resorption / bone resorption / response to mechanical stimulus / positive regulation of T cell proliferation / protein autoubiquitination / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling adaptor activity / lipid droplet / antiviral innate immune response / positive regulation of interleukin-12 production / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / positive regulation of interleukin-2 production / response to interleukin-1 / p75NTR recruits signalling complexes / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / osteoclast differentiation / NF-kB is activated and signals survival / ossification / NRIF signals cell death from the nucleus / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / Regulation of NF-kappa B signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / response to insulin / neural tube closure / positive regulation of JNK cascade / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / NOD1/2 Signaling Pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of interleukin-6 production / CLEC7A (Dectin-1) signaling
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 11A / Tumor necrosis factor receptor 11A, N-terminal / Rank, cysteine-rich repeat domain 2 / : / Receptor activator of the NF-KB cysteine-rich repeat domain 2 / Tumour necrosis factor receptor 11 / TNF receptor-associated factor 6, zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 / TNF receptor-associated factor 6, MATH domain ...Tumour necrosis factor receptor 11A / Tumor necrosis factor receptor 11A, N-terminal / Rank, cysteine-rich repeat domain 2 / : / Receptor activator of the NF-KB cysteine-rich repeat domain 2 / Tumour necrosis factor receptor 11 / TNF receptor-associated factor 6, zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 / TNF receptor-associated factor 6, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TNF receptor-associated factor 6 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 11A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ye, H. / Arron, J.R. / Lamothe, B. / Cirilli, M. / Kobayashi, T. / Shevde, N.K. / Segal, D. / Dzivenu, O. / Vologodskaia, M. / Yim, M. ...Ye, H. / Arron, J.R. / Lamothe, B. / Cirilli, M. / Kobayashi, T. / Shevde, N.K. / Segal, D. / Dzivenu, O. / Vologodskaia, M. / Yim, M. / Du, K. / Singh, S. / Pike, J.W. / Darnay, B.G. / Choi, Y. / Wu, H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Distinct molecular mechanism for initiating TRAF6 signalling.
著者: Ye, H. / Arron, J.R. / Lamothe, B. / Cirilli, M. / Kobayashi, T. / Shevde, N.K. / Segal, D. / Dzivenu, O.K. / Vologodskaia, M. / Yim, M. / Du, K. / Singh, S. / Pike, J.W. / Darnay, B.G. / Choi, Y. / Wu, H.
履歴
登録2002年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 6
B: receptor activator of nuclear factor-kappa B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6892
ポリマ－19,6892
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area9140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.990, 44.991, 106.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated factor 6


分子量: 18676.549 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 347-504 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y4K3
#2: タンパク質・ペプチド receptor activator of nuclear factor-kappa B


分子量: 1012.048 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 342-349 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RANK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 2612918, UniProt: Q9Y6Q6*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG8000, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15-25 %PEG800011
2100 mMTris-HCl11pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 12396 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rsym value: 0.055
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / % possible all: 95.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.9 % / Rmerge(I) obs: 0.139

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TRAF6 apo form

解像度: 2.4→19.63 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 739 -RANDOM
Rwork0.213 ---
obs-7408 10 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1330 0 0 79 1409
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / Rfactor Rfree: 0.242 / Rfactor Rwork: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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