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- PDB-1lb3: Structure of recombinant mouse L chain ferritin at 1.2 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lb3
タイトルStructure of recombinant mouse L chain ferritin at 1.2 A resolution
要素FERRITIN LIGHT CHAIN 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / IRON STORAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / endocytic vesicle lumen / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin light chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Granier, T. / Langlois D'Estaintot, B. / Gallois, B. / Chevalier, J.-M. / Precigoux, G. / Santambrogio, P. / Arosio, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural description of the active sites of mouse L-chain ferritin at 1.2A resolution
著者: Granier, T. / Langlois D'Estaintot, B. / Gallois, B. / Chevalier, J.-M. / Precigoux, G. / Santambrogio, P. / Arosio, P.
履歴
登録2002年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERRITIN LIGHT CHAIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,05814
ポリマ－20,6701
非ポリマー1,38813
水5,152286
1
A: FERRITIN LIGHT CHAIN 1
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)529,396336
ポリマ－496,08424
非ポリマー33,312312
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area112710 Å2
ΔGint-703 kcal/mol
Surface area133060 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)180.590, 180.590, 180.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-717-

CD

詳細The biological assembly is a 24mer. Coordinates for a complete multimer representing the known biologically significant oligomerization state of the molecule can be generated from the monomer in the assymmetric unit by the following symmetry operations: -X,-Y,Z; -X,Y,-Z; X,-Y,-Z; Z,X,Y; Z,-X,-Y; -Z,-X,Y; -Z,X,-Y; Y,Z,X; -Y,Z,-X; Y,-Z,-X; -Y,-Z,X; Y,X,-Z; -Y,-X,-Z; Y,-X,Z; -Y,X,Z; X,Z,-Y; -X,Z,Y; -X,-Z,-Y; X,-Z,Y; Z,Y,-X; Z,-Y,X; -Z,Y,X; -Z,-Y,-X;

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要素

#1: タンパク質 FERRITIN LIGHT CHAIN 1 / FERRITIN L SUBUNIT 1


分子量: 20670.164 Da / 分子数: 1 / 変異: T121A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: FTL / プラスミド: pMLF27 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P29391
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN ENGINEERED MUTATION THR125ALA (PCR ERROR)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: ammonium sulphate, cadmium sulphate, sodium azide, tris HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 詳細: Granier, T., (2001) Acta Crystallogr., D57, 1491.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13.5 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH7.4
30.92 Mammonium sulfate1reservoir
40.4 %1reservoirCdSO4
53 mM1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.966 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月17日 / 詳細: W/SI MIRRORS
放射モノクロメーター: Si (111) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→14 Å / Num. all: 74509 / Num. obs: 74509 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.21→1.25 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5144 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
最低解像度: 14 Å / Num. measured all: 399787 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.4 % / Num. unique obs: 5144 / Rmerge(I) obs: 0.602

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H96

1h96


解像度: 1.21→14 Å / Num. parameters: 16266 / Num. restraintsaints: 16802 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1595 3747 5.3 %RANDOM
Rwork0.132 ---
all0.1335 74393 --
obs0.1335 74393 98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-22
Refine analyzeNum. disordered residues: 38 / Occupancy sum hydrogen: 1287.25 / Occupancy sum non hydrogen: 1622.33
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1339 0 31 286 1656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.69
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0223
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.069
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.087
LS精密化 シェル解像度: 1.21→1.26 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 363 -
Rwork0.2 --
obs-7467 89.7 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 14 Å / Rfactor all: 0.134 / Rfactor Rfree: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.69
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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