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万見
- PDB-1lau: URACIL-DNA GLYCOSYLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lau
タイトルURACIL-DNA GLYCOSYLASE
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
  • PROTEIN (URACIL-DNA GLYCOSYLASE (E.C.3.2.2.-))
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE / GLYCOSIDASE / DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily ...Uracil-DNA glycosylase family 1 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pearl, L.H. / Savva, R.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: The structural basis of specific base-excision repair by uracil-DNA glycosylase.
著者: Savva, R. / McAuley-Hecht, K. / Brown, T. / Pearl, L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the Uracil-DNA Glycosylase DNA Repair Enzyme from Herpes Simplex Virus Type 1
著者: Savva, R. / Pearl, L.H.
履歴
登録1996年1月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
E: PROTEIN (URACIL-DNA GLYCOSYLASE (E.C.3.2.2.-))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2342
ポリマ－28,2342
非ポリマー00
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.660, 61.830, 86.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')


分子量: 867.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (URACIL-DNA GLYCOSYLASE (E.C.3.2.2.-))


分子量: 27366.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
属: Simplexvirus / 株: STRAIN 17 / 参照: UniProt: P10186
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE URACIL-DNA GLYCOSYLASE MOLECULE IN THIS STUDY CONSISTS OF 244 AMINO ACIDS FROM THE METHIONINE ...THE URACIL-DNA GLYCOSYLASE MOLECULE IN THIS STUDY CONSISTS OF 244 AMINO ACIDS FROM THE METHIONINE AT POSITION 91 IN THE TRANSLATION OF THE UL-2 OPEN READING FRAME BEGINNING AT THE FIRST POSSIBLE START CODON. THE 90 AMINO ACIDS NOT INCLUDED IN THIS MOLECULE ARE NOT INVOLVED IN THE ACTIVITY OF THE ENZYME BUT PROBABLY CONSTITUTE A SUBCELLULAR LOCALIZATION SIGNAL. THE RESIDUES IN THIS ENTRY ARE NUMBERED RELATIVE TO THE MET 90 OF THE FULL POSSIBLE OPEN READING FRAME.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
154 mg/mlprotein 1drop
25.2 %PEG80001drop
334 mMammonium sulfate1drop
417 mMsodium phosphate1reservoir

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データ収集

検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 20152 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 2.1 %
反射
*PLUS
% possible obs: 90.3 % / 冗長度: 2.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.225 -
Rwork0.174 -
obs0.174 21482
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1826 61 0 161 2048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.97
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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