PDB-1la4: Solution Structure of SGTx1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1la4

タイトル

Solution Structure of SGTx1

要素

SGTx1

キーワード

TOXIN / Triple-stranded antiparallel beta-sheet / inhibitory cystine knot / Peptide neurotoxin

機能・相同性

Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular space / Kappa-theraphotoxin-Scg1a

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Lee, C.W. / Roh, S.H. / Kim, S. / Endoh, H. / Kodera, Y. / Maeda, T. / Swartz, K.J. / Kim, J.I.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Solution Structure and Functional Characterization of SGTx1, a Modifier of Kv2.1 Channel Gating
著者: Lee, C.W. / Kim, S. / Roh, S.H. / Endoh, H. / Kodera, Y. / Maeda, T. / Kohno, T. / Wang, J.M. / Swartz, K.J. / Kim, J.I.

履歴

登録	2002年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2003年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1la4.cif.gz	197.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1la4.ent.gz	163.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1la4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/1la4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/1la4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2mxq-d 2l46-d 2n9t-d 2e2s-d 6ay7-2 1p8b-d 1wr4-d 2nlg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SGTx1

3.79 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #16	closest to the average,lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	SGTx1 / Voltage-gated potassium channel blocker 分子量: 3788.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence is chemically synthesized. / 参照: UniProt: P56855
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	PE-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 2mM SGTx1; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 310 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
UXNMR	2.6	Bruker	collection
UXNMR	2.6	Bruker	解析
X-PLOR	3.851	A.T.Brunger	構造決定
X-PLOR	3.851	A.T.Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Additional comments about the NMR refinement can be placed here, e.g. the structures are based on a total of 499 restraints, 449 are NOE-derived distance constraints, 27 dihedral angle ...

代表構造

選択基準: closest to the average,lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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