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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l9w | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF 3-DEHYDROQUINASE FROM SALMONELLA TYPHI COMPLEXED WITH REACTION PRODUCT | ||||||
![]() | 3-dehydroquinate dehydratase aroD | ||||||
![]() | LYASE / TIM-Barrel / complex with product | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, W.H. / Perles, L.A. / Nagem, R.A.P. / Shrive, A.K. / Hawkins, A. / Sawyer, L. / Polikarpov, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comparison of different crystal forms of 3-dehydroquinase from Salmonella typhi and its implication for the enzyme activity. 著者: Lee, W.H. / Perles, L.A. / Nagem, R.A. / Shrive, A.K. / Hawkins, A. / Sawyer, L. / Polikarpov, I. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN DHS: 3-AMINO-4,5-DIHYDROXY-CYCLOHEX-1-ENECARBOXYLATE GROUP. Formula:4(C7 H8 N1 O4). THE ...HETEROGEN DHS: 3-AMINO-4,5-DIHYDROXY-CYCLOHEX-1-ENECARBOXYLATE GROUP. Formula:4(C7 H8 N1 O4). THE PRODUCT IS COVALENTLY LINKED TO LYS170 THROUGH FORMATION OF A SCHIFF BASE (IMINE) INTERMEDIATE THAT IS THEN REDUCED WITH BOROHYDRIDE. THE EMPIRICAL FORMULA GIVEN CONTAINS THE CARBOXYLATE PROTON BUT NOT THE 3-KETO OXYGEN (WHICH IS REPLACED BY THE NZ OF LYS170 IN FORMING THE SCHIFF BASE). LYS 170 FORMS THE IMINE INTERMEDIATE WITH THE AID OF HIS 143. ARG 213 INTERACTS WITH THE CARBOXYL GROUP OF THE 3-DEHYDROQUINATE SUBSTRATE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27654.912 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: THE PRODUCT 3-DEHYDROSHIKIMATE IS COVALENTLY ATTACHED TO THE ACTIVE SITE LYS 170 BY BOROHYDRIDE REDUCTION OF THE IMINE (SCHIFF BASE) 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-DHS / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 4000, citrate-phosphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: sparse matrix method / PH range low: 6 / PH range high: 5 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.928 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→10 Å / Num. all: 49700 / Num. obs: 49700 / % possible obs: 76.45 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / % possible all: 70.12 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 冗長度: 3.42 % / Rmerge(I) obs: 0.069 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1QFE 解像度: 2.1→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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