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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l9c | ||||||
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タイトル | Role of Histidine 269 in Catalysis by Monomeric Sarcosine Oxidase | ||||||
![]() | Monomeric Sarcosine Oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / flavoprotein / oxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via L-pipecolate / L-pipecolate oxidase activity / saccharopine oxidase activity / sarcosine oxidase activity / peroxisome / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Zhao, G. / Song, H. / Chen, Z.-w. / Mathews, F.S. / Jorns, M.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Monomeric sarcosine oxidase: role of histidine 269 in catalysis. 著者: Zhao, G. / Song, H. / Chen, Z.W. / Mathews, F.S. / Jorns, M.S. #1: ![]() タイトル: Monomeric sarcosine oxidase: structure of a covalently flavinylated amine oxidizing enzyme 著者: Trickey, P. / Wagner, M.A. / Jorns, M.S. / Mathews, F.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 191.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 928.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 946.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is monomer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43077.312 Da / 分子数: 2 / 変異: H269N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P40859, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 295K, temperature 295.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月18日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 57652 / Num. obs: 50561 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 7.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.192 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3011 / % possible all: 52.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.95 Å / % possible obs: 52.5 % / Rmerge(I) obs: 0.192 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: refined directly 開始モデル: PDB code 1B3M ![]() 1b3m 解像度: 1.9→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.216 / Rfactor Rwork: 0.171 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.95 Å / Rfactor Rfree: 0.291 / Rfactor Rwork: 0.243 |