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- PDB-1l8c: STRUCTURAL BASIS FOR HIF-1ALPHA/CBP RECOGNITION IN THE CELLULAR H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l8c
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR HIF-1ALPHA/CBP RECOGNITION IN THE CELLULAR HYPOXIC RESPONSE
要素
  • CREB-binding protein
  • Hypoxia-inducible factor 1 alpha
キーワードGENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / iris morphogenesis / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / intestinal epithelial cell maturation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / positive regulation of nitric oxide metabolic process / Attenuation phase ...epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / neural fold elevation formation / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / iris morphogenesis / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / intestinal epithelial cell maturation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / positive regulation of nitric oxide metabolic process / Attenuation phase / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / cAMP response element binding protein binding / elastin metabolic process / regulation of transforming growth factor beta2 production / Notch-HLH transcription pathway / glandular epithelial cell maturation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / hemoglobin biosynthetic process / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / cardiac ventricle morphogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of growth / positive regulation of hormone biosynthetic process / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of viral process / Cellular response to hypoxia / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / retina vasculature development in camera-type eye / mesenchymal cell apoptotic process / regulation of protein neddylation / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of bone mineralization / PTK6 Expression / intracellular oxygen homeostasis / collagen metabolic process / B-1 B cell homeostasis / Estrogen-dependent gene expression / CD209 (DC-SIGN) signaling / vascular endothelial growth factor production / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / dopaminergic neuron differentiation / negative regulation of interferon-beta production / transcription regulator activator activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of thymocyte apoptotic process / lactate metabolic process / MRF binding / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / response to iron ion / neural crest cell migration / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / face morphogenesis / embryonic hemopoiesis / regulation of glycolytic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / motile cilium / DNA-binding transcription repressor activity / protein-lysine-acetyltransferase activity / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / PTK6 promotes HIF1A stabilization / muscle cell cellular homeostasis / positive regulation of neuroblast proliferation / digestive tract morphogenesis / DNA-binding transcription activator activity / axonal transport of mitochondrion / bone mineralization / response to muscle activity / acetyltransferase activity / heart looping / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / TOR signaling / outflow tract morphogenesis / TFIIB-class transcription factor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of macroautophagy / histone acetyltransferase complex / positive regulation of epithelial cell migration / cellular response to interleukin-1 / epithelial to mesenchymal transition / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / chondrocyte differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus
類似検索 - 分子機能
CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold ...CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone lysine acetyltransferase CREBBP / Hypoxia-inducible factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Dames, S.A. / Martinez-Yamout, M. / De Guzman, R.N. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2002
タイトル: Structural basis for Hif-1 alpha /CBP recognition in the cellular hypoxic response.
著者: Dames, S.A. / Martinez-Yamout, M. / De Guzman, R.N. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2002年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQEUNCE AUTHOR STATES RESIDUE GLY56 IS A SEQUENCE VARIANT

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-binding protein
B: Hypoxia-inducible factor 1 alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6155
ポリマ-16,4192
非ポリマー1963
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 CREB-binding protein


分子量: 10853.724 Da / 分子数: 1
断片: TAZ1 (Transcription activation zinc finger) domain, Residues 345-439
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45481
#2: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 1 alpha / HIF-1 ALPHA / ARNT interacting protein / Member of PAS protein 1 / MOP1


分子量: 5565.170 Da / 分子数: 1
断片: CTAD (C-Terminal activation) domain, Residues 776-826
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16665
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D HSQC
2212D HSQC
3313D HN(CA)CB
4413D CBCA(CO)NH
5513D HNCA
6613D HNCO
7713D C(CO)NH-TOCSY
8813D H(CCO)NH-TOCSY
9913D CCH-TOCSY
101013D CCH-COSY
111113D (H)CCH-TOCSY
121213D 15N TOCSY-HSQC
131312D CBCGCD
141412D CBCGCE
151513D HNHA
161613D HNHB
171713D HACAHB-COSY
181813D 15N NOESY-HSQC
191913D 13C HSQC-NOESY
202013D 13C,15N simult. NOESY
212113D 13C HMQC-NOESY
222213D 12C-FILTERED/13C-EDITED NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
11MM 13C, 15N-TAZ1, 2MM HIF-1a
21MM 13C, 15N-HIF-1a, 2MM TAZ1
310MM D-TRIS, 10MM D-DTT, 0.02% NAN3, 0.5MM ZnSO4
試料状態イオン強度: 2.0 Millimolar / pH: 6.1 / : Ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRX800BrukerDRX8008001
Bruker DRX600BrukerDRX6006002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amberversion 6PEARLMAN, D.A. ET AL.精密化
XwinNMR構造決定
NMRPipe構造決定
NMRViewstructure soulution
精密化ソフトェア番号: 1 / 詳細: PEARLMAN, D.A. ET AL. (1995) COMP. PHYS.COMMU.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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