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万見
- PDB-1l8a: E. COLI PYRUVATE DEHYDROGENASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l8a
タイトルE. COLI PYRUVATE DEHYDROGENASE
要素Pyruvate dehydrogenase E1 component
キーワードOXIDOREDUCTASE / THIAMIN DIPHOSPHATE / PYRUVATE / ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / pyruvate catabolic process / pyruvate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding / small molecule binding / glycolytic process / molecular adaptor activity / magnesium ion binding ...: / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / pyruvate catabolic process / pyruvate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding / small molecule binding / glycolytic process / molecular adaptor activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyruvate dehydrogenase E1 component, N-terminal / Pyruvate dehydrogenase E1 component, middle domain / : / Pyruvate dehydrogenase E1 component middle domain / Pyruvate dehydrogenase E1 component / : / Transketolase-like TK C-terminal domain / Transketolase, N-terminal / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Rossmann fold - #920 ...Pyruvate dehydrogenase E1 component, N-terminal / Pyruvate dehydrogenase E1 component, middle domain / : / Pyruvate dehydrogenase E1 component middle domain / Pyruvate dehydrogenase E1 component / : / Transketolase-like TK C-terminal domain / Transketolase, N-terminal / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / Pyruvate dehydrogenase E1 component / Pyruvate dehydrogenase E1 component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Furey, W. / Arjunan, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structure of the pyruvate dehydrogenase multienzyme complex E1 component from Escherichia coli at 1.85 A resolution.
著者: Arjunan, P. / Nemeria, N. / Brunskill, A. / Chandrasekhar, K. / Sax, M. / Yan, Y. / Jordan, F. / Guest, J.R. / Furey, W.
履歴
登録2002年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年8月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate dehydrogenase E1 component
B: Pyruvate dehydrogenase E1 component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,2146
ポリマ－199,3142
非ポリマー8994
水12,286682
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13390 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area48880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.690, 141.600, 82.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains a functional dimer, with the two identical molecules related by a non-crystallographic twofold axis. It also contains two thiamin diphosphate and two magnesium II ion cofactors.

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要素

#1: タンパク質 Pyruvate dehydrogenase E1 component


分子量: 99657.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: JRG pGS878 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JRG 3456
参照: UniProt: P06958, UniProt: P0AFG8*PLUS, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.05
詳細: PEG2000 monomethyl ether, propanol, sodium azide, Hepes buffer, magnesium chloride, thiamin diphosphate, pH 7.05, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115-20 %PEG2000 MME1reservoir
210 %propanol1reservoir
30.2 %1reservoirNaN3
460 mMHEPES1reservoirpH7.05

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月27日 / 詳細: toroidal mirror
放射モノクロメーター: curved silicon monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 146183 / Num. obs: 146183 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.94 Å / 冗長度: 2.23 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 13132 / Rsym value: 0.175 / % possible all: 70.2
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 528145 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.2 % / Rmerge(I) obs: 0.175

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 8098 6 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.198 144190 --
obs0.192 133768 85.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12682 0 54 682 13418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.273
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.92
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.709
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.712
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.062.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.93 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2607 674 6 %
Rwork0.2361 10993 -
obs-11667 62.2 %
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 125670 / Rfactor all: 0.198 / Rfactor obs: 0.192 / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.92
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.709
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.261 / % reflection Rfree: 6 % / Rfactor Rwork: 0.236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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