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- PDB-1l6b: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE ALL DNA HOLLIDAY JUNCTION STRUC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l6b
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE ALL DNA HOLLIDAY JUNCTION STRUCTURE OF CCGGTACM5CGG
要素5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'
キーワードDNA / Holliday Junction / DNA four-way junction / cytosine methylation
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Vargason, J.M. / Ho, P.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The effect of cytosine methylation on the structure and geometry of the Holliday junction: the structure of d(CCGGTACm5CGG) at 1.5 A resolution.
著者: Vargason, J.M. / Ho, P.S.
履歴
登録2002年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1603
ポリマ－6,1202
非ポリマー401
水1,71195
1
A: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3206
ポリマ－12,2404
非ポリマー802
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)65.503, 24.704, 36.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-108-

HOH

21B-76-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by a crystallographic two-fold to give one fully watson-crick basepaired Holliday junction

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*(5CM)P*GP*G)-3'


分子量: 3060.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The sequence is chemically synthesized.
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium Cacodylate, CaCl2, Spermine tetrahydrochloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Cacodylate11
2CaCl211
3Spermine tetrahydrochloride11
4CaCl212
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.5 mMDNA1drop
225 mMsodium cacodylate1droppH7.
310 mM1dropCaCl2
42 mMspermine 4HCl1drop
520 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.15 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月22日
放射モノクロメーター: Si 111 Chanel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.15 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→16.28 Å / Num. all: 7988 / Num. obs: 7988 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.325 / % possible all: 39.3
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 18200 / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 39.3 % / Rmerge(I) obs: 0.435

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORCustom Script - Real Space translation/rotation/rigid body/rigid part searchモデル構築
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORCUSTOM SCRIPT - REAL SPACE TRANSLATION/ROTATION/RIGID BODY/RIGID PART SEARCH位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→16.28 Å / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: G.PARKINSON, J. VOJTECHOVSKY, L. CLOWNEY, A.T. BRUNGER, H.M. BERMAN
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.264 852 Random
Rwork0.218 --
all0.223 7986 -
obs0.223 7986 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→16.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 3 95 502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.08
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
139.6562-65.3704-3.517365.7801-27.2352-30.5233-0.0841-0.903-0.50510.35130.15570.63481.1211-0.873-0.07160.2193-0.05090.02260.2019-0.01110.2009-23.5496-4.02131.58
219.0929-34.11746.40477.7498-3.74619.3486-0.39290.59980.22610.1842-0.5138-0.2891-0.47880.90310.90670.2135-0.0682-0.01040.2145-0.01630.2316-24.3518-2.243727.4043
373.64429.751-34.8349-31.1825-7.889612.61520.311-0.7572-0.50780.96-1.0112-0.45490.00840.54810.70020.2822-0.07080.00290.21120.0620.3076-20.2174-7.025931.7428
431.8458-16.4704-17.225760.776626.738815.3935-0.31050.0076-0.12670.0063-0.1597-0.6120.1935-0.27280.47010.178-0.07140.00540.22840.01830.229-19.7853-2.700129.4324
525.838831.5804-38.8855140.7212-1.7557-49.6423-1.0436-2.1748-2.3502-1.1715-0.0225-2.8706-0.20931.09381.06610.13610.00180.05310.18110.18670.5998-15.0534-8.631129.9965
619.3127-18.780327.775731.9537-18.558639.39740.0925-0.07490.260.11040.0654-0.07490.52520.362-0.1580.1474-0.07080.02130.21070.00770.239-15.7179-3.605128.5235
7-33.217635.687321.431697.48998.61159.6956-0.4664-0.8486-0.63430.06111.8361-0.94040.61180.1238-1.36970.11270.01850.29250.0525-0.02180.8587-11.8014-8.916124.7459
8-15.69486.3589-5.6967-1.18912.882617.72160.43530.22590.155-0.2832-0.5064-0.05620.42190.4380.07120.1603-0.04870.02510.2080.01050.2461-12.2614-3.857326.3341
910.1295-5.6539-56.9417-170.7949130.691839.3911-0.8956-0.3819-1.80194.3522-1.91742.0471.4498-0.16032.8130.2247-0.10520.05780.2145-0.10420.4111-9.8904-5.418420.2105
1086.2189-61.8312116.8995142.9202-175.8928172.10281.5859-0.12920.1968-0.3509-1.6707-1.11691.1662-0.06650.08480.1104-0.10230.00360.168-0.02120.2505-8.8316-3.272624.3849
1131.919724.233536.3879-3.2971-29.473537.58811.437-0.4494-0.3081-0.6766-1.5241-0.75931.5704-0.09250.08710.2338-0.00410.00370.2439-0.04640.1803-8.72960.193518.4519
12-18.6331-13.4605-29.399627.90513.805831.9223-0.13920.00190.0260.002-0.0358-0.29920.29060.12450.17490.1604-0.0896-0.00440.262-0.00310.2816-6.3843-0.594623.3958
1337.750814.606-13.72864.5721-32.8983127.27330.8822-0.57930.37410.2324-0.10170.2333-1.02020.6222-0.78040.16460.0241-0.03570.2349-0.05920.217-8.1584.92515.2207
14-32.740111.362311.335655.2677-12.455927.83290.07510.1836-0.4812-0.4189-0.3610.1893-0.1083-0.00290.28590.19040.0547-0.00070.2589-0.01790.2635-8.91811.559511.8048
1512.6731-22.819-0.302542.1537-45.611840.4101-1.22621.33170.11011.95410.6642-0.2658-1.14821.44360.5620.21410.0013-0.11550.1596-0.03770.2842-8.78239.050811.5989
165.526310.7363-24.53978.961933.2917-59.88560.34-0.5365-0.1510.1242-0.36540.130.26530.3460.02540.23530.011-0.03820.22940.02370.2299-11.90755.390712.2875
17-8.05112.0084-29.37452.3787-0.433-38.58420.1117-0.60180.0702-0.2074-0.7694-0.72210.35140.04970.65770.3115-0.0269-0.06310.1570.040.2908-12.117511.62767.4152
180.33594.89366.52593.5442-2.45477.9459-0.15930.0172-0.01790.0270.381-0.3305-0.18230.5346-0.22170.21870.0208-0.00810.22760.00940.2407-14.75327.86459.7921
1914.676610.3688-13.288357.6915-0.2695-6.0534-0.2504-1.0129-0.7037-1.1069-0.8841-1.5993-1.2908-1.22081.13450.27280.0084-0.04140.21180.08820.2113-15.840310.90272.8171
20-15.4863-8.6937-1.450861.2629-19.72231.9492-0.33640.1117-0.19550.0340.4591-0.2928-0.28230.1434-0.12270.16640.0389-0.00650.22760.00020.2463-17.88229.25217.4232
2127.027-16.3273-73.206-78.951826.996964.05520.16350.03070.0330.1312-0.02250.47821.15820.3953-0.14090.2593-0.0886-0.00990.2301-0.01650.21687.40012.181521.4797
22-26.6266-19.5159-3.596984.4258-21.67348.106-0.02330.23630.36770.4446-0.2828-0.2385-0.0441-0.11820.30610.1629-0.0792-0.00270.23720.00830.24976.03136.458322.4479
23-38.235428.726731.067825.7498-4.4404-8.0421-1.53830.6958-0.39090.19410.99440.10010.46760.49190.54390.22410.00430.03790.2499-0.03420.1966.3693-0.771324.8018
24-9.1722-22.2466-13.22721.3942-26.413109.1286-0.2350.29180.14520.5085-0.27680.5082-0.29470.19740.51190.1606-0.0568-0.00070.2508-0.02430.23773.07742.536423.1817
25-37.06456.114618.25912.334116.3855-18.4106-0.711-0.6349-0.1565-0.39060.6335-0.2131.29690.60830.07750.38330.01190.08610.18870.03830.22222.8543-2.542428.9653
266.86653.630315.88932.6342-7.4169-0.014-0.24630.2643-0.12610.06140.3957-0.19240.25850.766-0.14930.2269-0.03390.02290.23390.00850.22510.14250.696725.7545
27-10.166-2.57737.4818-24.22748.341647.9807-0.78350.0564-0.3690.14750.1313-0.01980.1707-0.6070.65230.2729-0.0380.03210.25310.05770.1649-1.2412-0.568833.1204
28-3.73927.791.067630.5541-26.982550.4288-0.3723-0.0949-0.3595-0.05420.47620.63860.6481-0.4029-0.10390.195-0.0334-0.00680.2160.00240.219-3.07860.194328.2931
29-16.00326.9011-13.93623.418223.867-96.1209-2.1464-1.5257-1.16150.86241.55330.4565-1.0846-0.72430.59310.30680.05570.01410.3860.05620.1338-6.16842.417433.3546
30-1.2355-39.6528-24.7245185.327212.4874-7.8355-0.2890.08470.02670.780.0739-0.84280.6503-0.34840.21510.18-0.0669-0.00440.26470.0120.229-6.3392-0.743829.3206
3122.5462-13.5536.698899.1579-0.68378.0557-1.0118-1.13860.19430.13341.51760.0263-1.2568-0.3291-0.50590.0939-0.07360.00320.3073-0.07150.1915-10.66935.516630.8363
325.0488-44.3188-17.944492.063617.895386.4322-0.04070.0734-0.1095-0.07670.0550.1749-0.0788-0.5013-0.01430.0834-0.0804-0.01130.2167-0.00940.2562-10.50291.091628.2487
3327.1955-26.83940.6267-39.9019-40.7519-26.2738-1.2519-0.88630.0119-0.4573-0.17822.2497-0.9802-0.09791.430.1979-0.0634-0.05480.1369-0.0060.3987-14.44336.137926.3795
34-17.681714.6612-32.706722.653630.3165107.12320.1292-0.50960.063-0.4661-0.2052-0.47210.0036-0.31360.0760.1066-0.0720.00470.2026-0.02430.2755-14.29131.348927.6848
3559.615571.8881-9.6549162.21341.5461-42.6892-1.48041.44550.75642.27281.39310.4064-0.94130.37480.08730.3146-0.1756-0.08330.28560.08020.1667-18.01373.755522.4572
368.2776-19.7388-2.811438.3785-3.8361.2367-0.2251-0.23120.4469-0.2035-0.3202-0.18670.22070.31540.54530.1741-0.0832-0.02430.21980.01990.2443-18.3581.179526.6899
37-41.0798-31.7196-17.019763.555723.701257.06080.29351.06080.2487-0.387-1.32180.57090.602-0.26071.02840.1749-0.10840.00530.33440.02440.1953-20.1023-0.58519.1224
384.4227-14.314111.42690.9409-10.587926.31610.28480.1522-0.0319-0.1219-0.5185-0.1114-0.46370.52550.23370.2111-0.08290.01730.2290.01550.257-21.0493-1.665524.0961
393.629-36.9332-21.006758.30329.851610.73680.5185-0.57150.4547-2.2513-0.80481.41230.78250.61650.28630.2532-0.0615-0.01660.233-0.01180.1486-21.5352-6.491317.9436
4010.6415-10.26064.483613.83114.819345.42190.24590.09880.2733-0.1429-0.36950.16570.2110.12960.12360.1695-0.08210.02590.21390.00250.2417-23.6308-4.618722.2279
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA11
2X-RAY DIFFRACTION2AA11
3X-RAY DIFFRACTION3AA22
4X-RAY DIFFRACTION4AA22
5X-RAY DIFFRACTION5AA33
6X-RAY DIFFRACTION6AA33
7X-RAY DIFFRACTION7AA44
8X-RAY DIFFRACTION8AA44
9X-RAY DIFFRACTION9AA55
10X-RAY DIFFRACTION10AA55
11X-RAY DIFFRACTION11AA66
12X-RAY DIFFRACTION12AA66
13X-RAY DIFFRACTION13AA77
14X-RAY DIFFRACTION14AA77
15X-RAY DIFFRACTION15AA88
16X-RAY DIFFRACTION16AA88
17X-RAY DIFFRACTION17AA99
18X-RAY DIFFRACTION18AA99
19X-RAY DIFFRACTION19AA1010
20X-RAY DIFFRACTION20AA1010
21X-RAY DIFFRACTION21BB111
22X-RAY DIFFRACTION22BB111
23X-RAY DIFFRACTION23BB122
24X-RAY DIFFRACTION24BB122
25X-RAY DIFFRACTION25BB133
26X-RAY DIFFRACTION26BB133
27X-RAY DIFFRACTION27BB144
28X-RAY DIFFRACTION28BB144
29X-RAY DIFFRACTION29BB155
30X-RAY DIFFRACTION30BB155
31X-RAY DIFFRACTION31BB166
32X-RAY DIFFRACTION32BB166
33X-RAY DIFFRACTION33BB177
34X-RAY DIFFRACTION34BB177
35X-RAY DIFFRACTION35BB188
36X-RAY DIFFRACTION36BB188
37X-RAY DIFFRACTION37BB199
38X-RAY DIFFRACTION38BB199
39X-RAY DIFFRACTION39BB2010
40X-RAY DIFFRACTION40BB2010
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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