ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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CNS | 精密化 | DENZO | データ削減 | SCALEPACK | データスケーリング | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: Difference Fourier 開始モデル: PDB ENTRY 1L4U 解像度: 2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 251349.94 / Data cutoff high rms absF: 251349.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.252 | 739 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.217 | - | - | - |
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all | - | 14820 | - | - |
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obs | - | 14820 | 97.8 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.129 Å2 / ksol: 0.376723 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.1 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 3.76 Å2 | -0.78 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 3.76 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -7.52 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.32 Å | 0.26 Å |
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Luzzati d res low | - | 30 Å |
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Luzzati sigma a | 0.27 Å | 0.21 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1226 | 0 | 33 | 173 | 1432 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d20.2 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.81 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.99 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.87 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it3.01 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it4.31 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.298 | 121 | 5.1 % |
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Rwork | 0.274 | 2242 | - |
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obs | - | 1592 | 96.1 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | PARAM.ADPTOPOL.ADPX-RAY DIFFRACTION | 5 | PARAM.HEPTOPOL.HEP | | | | | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.03 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.217 / Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.217 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg20.2 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.81 | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.298 / Rfactor Rwork: 0.274 / Rfactor obs: 0.274 |
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