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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l1s | ||||||
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タイトル | Structure of Protein of Unknown Function MTH1491 from Methanobacterium thermoautotrophicum | ||||||
要素 | hypothetical protein MTH1491 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hypothetical Protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Sulphur relay, DsrE/F-like / DsrE/DsrF-like family / DsrEFH-like / DsrEFH-like / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DrsE domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Christendat, D. / Saridakis, V. / Kim, Y. / Kumar, P.A. / Xu, X. / Semesi, A. / Joachimiak, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002 タイトル: The crystal structure of hypothetical protein MTH1491 from Methanobacterium thermoautotrophicum. 著者: Christendat, D. / Saridakis, V. / Kim, Y. / Kumar, P.A. / Xu, X. / Semesi, A. / Joachimiak, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l1s.cif.gz | 29.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l1s.ent.gz | 22.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l1s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1l1s_validation.pdf.gz | 365.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1l1s_full_validation.pdf.gz | 367 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1l1s_validation.xml.gz | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1l1s_validation.cif.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/1l1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/1l1s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12753.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: ORF1491 / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O27535 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30 % MPD, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 57.3 % | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: unknown | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.93927 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月14日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93927 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→27.55 Å / Num. all: 12028 / Num. obs: 12028 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 32.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 652 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 6492 / % possible obs: 98.4 % / Num. measured all: 77390 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 12.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→27.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1761771.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.2413 Å2 / ksol: 0.371473 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.203 |