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- PDB-1l1s: Structure of Protein of Unknown Function MTH1491 from Methanobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l1s
タイトルStructure of Protein of Unknown Function MTH1491 from Methanobacterium thermoautotrophicum
要素hypothetical protein MTH1491
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hypothetical Protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Sulphur relay, DsrE/F-like / DsrE/DsrF-like family / DsrEFH-like / DsrEFH-like / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Christendat, D. / Saridakis, V. / Kim, Y. / Kumar, P.A. / Xu, X. / Semesi, A. / Joachimiak, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of hypothetical protein MTH1491 from Methanobacterium thermoautotrophicum.
著者: Christendat, D. / Saridakis, V. / Kim, Y. / Kumar, P.A. / Xu, X. / Semesi, A. / Joachimiak, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M.
履歴
登録2002年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein MTH1491


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7541
ポリマ－12,7541
非ポリマー00
水34219
1
A: hypothetical protein MTH1491

A: hypothetical protein MTH1491

A: hypothetical protein MTH1491


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2613
ポリマ－38,2613
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.440, 82.440, 37.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein MTH1491


分子量: 12753.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: ORF1491 / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O27535
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30 % MPD, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 57.3 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 %MPD11
2100 mMHEPES11pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.93927 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月14日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→27.55 Å / Num. all: 12028 / Num. obs: 12028 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 652 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 6492 / % possible obs: 98.4 % / Num. measured all: 77390
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 12.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
d*TREKデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
d*TREKデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→27.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1761771.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 579 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.202 11538 92.2 %-
all-12028 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.2413 Å2 / ksol: 0.371473 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å26.27 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数862 0 0 19 881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.562.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 72 4.4 %
Rwork0.203 1561 -
obs--78.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.71
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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