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- PDB-1l0q: Tandem YVTN beta-propeller and PKD domains from an archaeal surfa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l0q
タイトルTandem YVTN beta-propeller and PKD domains from an archaeal surface layer protein
要素Surface layer protein
キーワードPROTEIN BINDING / surface layer protein / SLP / S-layer / 7-bladed beta-propeller / PKD superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


YVTN beta-propeller repeat / : / YNCE-like beta-propeller / Lactonase, 7-bladed beta-propeller / Nitrous oxide reductase, N-terminal / PKD domain / : / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily ...YVTN beta-propeller repeat / : / YNCE-like beta-propeller / Lactonase, 7-bladed beta-propeller / Nitrous oxide reductase, N-terminal / PKD domain / : / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jing, H. / Takagi, J. / Liu, J.-H. / Lindgren, S. / Zhang, R.-G. / Joachimiak, A. / Wang, J.-H. / Springer, T.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Archaeal Surface Layer Proteins Contain beta Propeller, PKD, and beta Helix Domains and Are Related to Metazoan Cell Surface Proteins.
著者: Jing, H. / Takagi, J. / Liu, J. / Lindgren, S. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Wang, J. / Springer, T.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Implications for familial hypercholesterolemia from structure of the LDL receptor YWTD-EGF doman pair
著者: Jeon, H. / Meng, W. / Takagi, J. / Eck, M.J. / Springer, T.A. / Blacklow, S.C.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: The structure of a PKD domain from polycystin-1: implications for polycystic kidney disease
著者: Bycroft, M. / Bateman, A. / Clarke, J. / Hamill, S.J. / Sandford, R. / Thomas, R.L. / Chothia, C.
#3: ジャーナル: Arch.Microbiol. / 年: 1998
タイトル: Structure, organization, and expression of genes coding for envelope components in the archaeon Methanosarcina mazei S-6
著者: Mayerhofer, L.E. / Conway de Macario, E. / Yao, R. / Macario, A.J.L.
#4: ジャーナル: To be Published
タイトル: The genome of Methanosarcina acetivorans reveals extensive metabolic and physiological diversity
著者: Galagan, J.E. / Nusbaum, C. / Roy, A. / Endrizzi, M.G. / Macdonald, P. / FitzHugh, W. / Calvo, S. / Engels, R. / Smirnov, S.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: An extracellular beta-propeller module predicted in lipoprotein and scavenger receptors, tyrosine kinases, epidermal growth factor precursor, and extracellular matrix components
著者: Springer, T.A.
履歴
登録2002年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE WHOLE SURFACE LAYER PROTEIN MOLECULE HAS A DOMAIN ORGANIZATION OF YVTN-PKD-YVTN-(PKD)11. THE COORDINATES OF ANY ONE OF THE 4 MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT COULD CORRESPOND TO THE BIOLOGICAL CONFORMATION OF THE N-TERMINAL YVTN-PKD DOMAIN PAIR.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface layer protein
B: Surface layer protein
C: Surface layer protein
D: Surface layer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,1864
ポリマ－163,1864
非ポリマー00
水24,5721364
1
A: Surface layer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7971
ポリマ－40,7971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Surface layer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7971
ポリマ－40,7971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Surface layer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7971
ポリマ－40,7971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Surface layer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7971
ポリマ－40,7971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)188.181, 65.885, 140.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Surface layer protein


分子量: 40796.559 Da / 分子数: 4 / 断片: YVTN beta-propeller domain 1 and PKD domain 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 株: S-6 / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q50245
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: PEG-8000, potassium chloride, sodium acetate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
113 mg/mlprotein1drop
220 %PEG80001reservoir
30.3 M1reservoirKCl
40.1 M1reservoirNaAcpH3.8

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979067,0.979221,0.939270
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9790671
20.9792211
30.939271
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 52881 / Num. obs: 52881 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 30.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4965 / % possible all: 89
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 318719 / Rmerge(I) obs: 0.109
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89 % / Rmerge(I) obs: 0.434

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / Data cutoff high rms absF: 1000 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 2642 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.217 52357 --
obs0.217 52357 93.9 %-
溶媒の処理Bsol: 40.168 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11400 0 0 1364 12764
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.354
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.428
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.797
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0552.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3466 247 -
Rwork0.2897 4786 -
obs--90.49 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.217 / Rfactor Rfree: 0.263 / Rfactor Rwork: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg28.428
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.797
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.3466 / Rfactor Rwork: 0.2897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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