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- PDB-1kyv: Lumazine Synthase from S.pombe bound to riboflavin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kyv
タイトルLumazine Synthase from S.pombe bound to riboflavin
要素6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
キーワードTRANSFERASE / riboflavin biosynthesis / lumazine synthase / Schizosaccharomyces pombe / ligand binding
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin synthase activity / riboflavin binding / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / mitochondrial intermembrane space / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RIBOFLAVIN / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gerhardt, S. / Haase, I. / Steinbacher, S. / Kaiser, J.T. / Cushman, M. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The structural basis of riboflavin binding to Schizosaccharomyces pombe 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase.
著者: Gerhardt, S. / Haase, I. / Steinbacher, S. / Kaiser, J.T. / Cushman, M. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M.
履歴
登録2002年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32013年1月23日Group: Structure summary
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
B: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
C: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
D: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
E: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,39115
ポリマ－86,0345
非ポリマー2,35710
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17230 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area25920 Å2
手法PISA
2
A: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
B: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
C: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
D: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
E: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
ヘテロ分子

A: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
B: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
C: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
D: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
E: 6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,78130
ポリマ－172,06810
非ポリマー4,71320
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area37470 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area48830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.500, 145.523, 128.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
6,7-Dimethyl-8-ribityllumazine Synthase


分子量: 17206.791 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
プラスミド: pNCO113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UUB1, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2


分子量: 376.364 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: citrate, sodium formate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlenzyme1drop
220 mMpotassium phosphate1droppH7.0
350 mM1dropKCl
40.1 Mcitrate1reservoirpH4.9-5.2
51.5 Msodium formate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→16.03 Å / Num. all: 41051 / Num. obs: 40966 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
% possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→16.03 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2128 4118 RANDOM
Rwork0.1801 --
all0.189 41051 -
obs0.189 40966 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→16.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5645 0 160 94 5899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.012104
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.75186
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.189 / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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