[日本語] English
万見
- PDB-1kyq: Met8p: A bifunctional NAD-dependent dehydrogenase and ferrochelat... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kyq
タイトルMet8p: A bifunctional NAD-dependent dehydrogenase and ferrochelatase involved in siroheme synthesis.
要素Siroheme biosynthesis protein MET8
キーワードOXIDOREDUCTASE / LYASE / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


precorrin-2 dehydrogenase / precorrin-2 dehydrogenase activity / sirohydrochlorin ferrochelatase / sirohydrochlorin ferrochelatase activity / siroheme biosynthetic process / ferrochelatase activity / sulfate assimilation
類似検索 - 分子機能
Siro heme synthase C-terminal domain-like / Siroheme synthase; domain 3 / Siroheme biosynthesis protein Met8, C-terminal / Sirohaem biosynthesis protein C-terminal / Siroheme biosynthesis protein Met8 / Sirohaem synthase, central domain / Siroheme synthase, central domain / Putative NAD(P)-binding / Sirohaem biosynthesis protein central / Double Stranded RNA Binding Domain ...Siro heme synthase C-terminal domain-like / Siroheme synthase; domain 3 / Siroheme biosynthesis protein Met8, C-terminal / Sirohaem biosynthesis protein C-terminal / Siroheme biosynthesis protein Met8 / Sirohaem synthase, central domain / Siroheme synthase, central domain / Putative NAD(P)-binding / Sirohaem biosynthesis protein central / Double Stranded RNA Binding Domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Siroheme biosynthesis protein MET8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schubert, H.L. / Raux, E. / Brindley, A.A. / Wilson, K.S. / Hill, C.P. / Warren, M.J.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: The structure of Saccharomyces cerevisiae Met8p, a bifunctional dehydrogenase and ferrochelatase.
著者: Schubert, H.L. / Raux, E. / Brindley, A.A. / Leech, H.K. / Wilson, K.S. / Hill, C.P. / Warren, M.J.
#1: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1999
タイトル: The Role of Saccharomyces cerevisiae Met1p and Met8p in Sirohaem and Cobalamin Biosynthesis
著者: Raux, E. / McVeigh, T. / Peters, S.E. / Leustek, T. / Warren, M.J.
履歴
登録2002年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999SEQUENCE During several rounds of independent PCR and sequencing from S. cervisiae, the authors ...SEQUENCE During several rounds of independent PCR and sequencing from S. cervisiae, the authors discovered several discrepancies in the primary sequence: K15R, I33(MSE) (a helpful mutation for solving the structure), E61K, D102N.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Siroheme biosynthesis protein MET8
B: Siroheme biosynthesis protein MET8
C: Siroheme biosynthesis protein MET8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8586
ポリマ－96,8683
非ポリマー1,9903
水11,061614
1
A: Siroheme biosynthesis protein MET8
B: Siroheme biosynthesis protein MET8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9054
ポリマ－64,5792
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8390 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area26090 Å2
手法PISA
2
C: Siroheme biosynthesis protein MET8
ヘテロ分子

C: Siroheme biosynthesis protein MET8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9054
ポリマ－64,5792
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8760 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area24770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.988, 80.856, 103.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Siroheme biosynthesis protein MET8 / MET8P


分子量: 32289.268 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: Met8 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon Plus / 参照: UniProt: P15807, 酸化還元酵素, EC: 4.99.1.1
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, CaCl2, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 60 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
17 mg/mlprotein1drop
22.5 mMNAD1drop
316-18 %PEG40001reservoir
40.1 M1reservoirCaCl2
50.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
62 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月30日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 64205 / Num. obs: 64205 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 9417 / Rsym value: 0.304 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 56148 / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 117894 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.6 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
詳細: REFMAC MKLF. PORTIONS OF THE NAD LIGANDS WERE MISSING IN THE DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 2818 5 %
Rwork0.219 --
all0.22 56251 -
obs0.22 56251 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6579 0 96 614 7289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.2
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.22 / Rfactor obs: 0.221 / Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る