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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kxk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a RNA Molecule Containing Domain 5 and 6 of the Yeast ai5g Group II Self-splicing Intron | ||||||
要素 | ai5g group II Self-splicing intron | ||||||
キーワード | RNA / double helix / tetraloop / tetraloop receptor / two-nucleotide bulge | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, L. / Doudna, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2002 タイトル: Structural insights into group II intron catalysis and branch-site selection. 著者: Zhang, L. / Doudna, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kxk.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kxk.ent.gz | 34.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kxk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kxk_validation.pdf.gz | 382.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kxk_full_validation.pdf.gz | 386.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kxk_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kxk_validation.cif.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/1kxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/1kxk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 22620.477 Da / 分子数: 1 / 断片: domain 5 and 6 / 由来タイプ: 合成 詳細: THE SEQUENCE IS FROM Saccharomyces cerevisiae (yeast). in vitro transcription. |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: HEPES-KOH, magnesium chloride, ammonium sulfate, spermine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. all: 12289 / Num. obs: 10014 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.5 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 23.4 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 51.7 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 85.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 51.7 % / Rmerge(I) obs: 0.43 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→30 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.11 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.4186 |