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- PDB-1kwg: Crystal structure of Thermus thermophilus A4 beta-galactosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kwg
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus A4 beta-galactosidase
要素BETA-GALACTOSIDASE
キーワードHYDROLASE / TIM BARREL / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 42 / TRIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


galactose metabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-galactosidase C-terminal / Beta-galactosidase C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 42 / Beta-galactosidase trimerisation / Beta-galactosidase trimerisation domain / Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Golgi alpha-mannosidase II ...Beta-galactosidase C-terminal / Beta-galactosidase C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 42 / Beta-galactosidase trimerisation / Beta-galactosidase trimerisation domain / Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hidaka, M. / Fushinobu, S. / Ohtsu, N. / Motoshima, H. / Matsuzawa, H. / Shoun, H. / Wakagi, T.
引用
ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2002
タイトル: Trimeric Crystal Structure of the Glycoside Hydrolase Family 42 beta-Galactosidase from Thermus thermophilus A4 and the Structure of its Complex with Galactose
著者: Hidaka, M. / Fushinobu, S. / Ohtsu, N. / Motoshima, H. / Matsuzawa, H. / Shoun, H. / Wakagi, T.
#1: ジャーナル: BIOSCI.BIOTECHNOL.BIOCHEM. / 年: 1998
タイトル: Thermostable beta-galactosidase from an extreme thermophile, Thermus sp. A4: enzyme purification and characterization, and gene cloning and sequencing
著者: Ohtsu, N. / Motoshima, H. / Goto, K. / Tsukasaki, F. / Matsuzawa, H.
履歴
登録2002年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-GALACTOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3647
ポリマ－72,9091
非ポリマー4556
水12,340685
1
A: BETA-GALACTOSIDASE
ヘテロ分子

A: BETA-GALACTOSIDASE
ヘテロ分子

A: BETA-GALACTOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,09321
ポリマ－218,7273
非ポリマー1,36618
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area17790 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area59240 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.737, 97.737, 129.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y,x-y,z and -x+y,-x,z.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 BETA-GALACTOSIDASE


分子量: 72908.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: A4 / プラスミド: PEXM9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: O69315, beta-galactosidase

-
非ポリマー , 5種, 691分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, sodium acetate trihydrate, sodium cacodyrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.2 Msodium acetate trihydrate1reservoir
220-25 %(w/v)PEG80001reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月31日
放射モノクロメーター: a fixed-exit double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.73 Å / Num. all: 94571 / Num. obs: 94442 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 6.04 / Num. unique all: 9352 / Rsym value: 0.289 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 94451 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 2467779 / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.289

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→19.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2506976.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 4737 5 %RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.1678 94451 --
obs0.167 94442 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.678 Å2 / ksol: 0.364119 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.01 Å2-1.37 Å20 Å2
2---3.01 Å20 Å2
3---6.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5162 0 26 685 5873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.142.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 785 5.1 %
Rwork0.207 14748 -
obs-14748 99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MPDACT.PARAMMPDACT.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CIS_PEPTIDE.PARAM
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.1678 / Rfactor obs: 0.167 / Rfactor Rfree: 0.184 / Rfactor Rwork: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.88
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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