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- PDB-1kw8: Crystal structure of BphC-2,3-dihydroxybiphenyl-NO complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kw8
タイトルCrystal structure of BphC-2,3-dihydroxybiphenyl-NO complex
要素2,3-Dihydroxybiphenyl dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / four time repetitions of the beta-alpha-beta-beta-beta motif
機能・相同性
機能・相同性情報


biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase / biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase activity / : / xenobiotic catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase ...2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIPHENYL-2,3-DIOL / : / NITRIC OXIDE / Biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sato, N. / Uragami, Y. / Nishizaki, T. / Takahashi, Y. / Sazaki, G. / Sugimoto, K. / Nonaka, T. / Masai, E. / Fukuda, M. / Senda, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structures of the Reaction Intermediate and its Homologue of an Extradiol-cleaving Catecholic Dioxygenase
著者: Sato, N. / Uragami, Y. / Nishizaki, T. / Takahashi, Y. / Sazaki, G. / Sugimoto, K. / Nonaka, T. / Masai, E. / Fukuda, M. / Senda, T.
履歴
登録2002年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2003年1月29日ID: 1GDG
改定 1.02003年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 2,3-Dihydroxybiphenyl dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4244
ポリマ－32,1521
非ポリマー2723
水3,045169
1
B: 2,3-Dihydroxybiphenyl dioxygenase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,38932
ポリマ－257,2128
非ポリマー2,17624
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area23670 Å2
ΔGint-278 kcal/mol
Surface area76720 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)121.720, 121.720, 109.008
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細The biological assembly is a octamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x, y, z; .1-x, 1-y, z; 1-x, y, -z; x, 1-y, -z; y, x, -z; 1-y, 1-x, -z; 1-y, x, z; y, 1-x, z;

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要素

#1: タンパク質 2,3-Dihydroxybiphenyl dioxygenase / BphC / Biphenyl-2 / 3-diol 1 / 2-dioxygenase


分子量: 32151.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: KKS102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17297, biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#4: 化合物 ChemComp-BPY / BIPHENYL-2,3-DIOL / 2,3-ジヒドロキシビフェニル


分子量: 186.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 285 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.5
詳細: Tris/HCl, hexylene glycol, Ammonium Sulfate, pH 7.5, Batch, temperature 285K
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃ / 手法: batch method / 詳細: Uragami, Y., (2001) J.Inorg.Biochem., 83, 269.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein11
2100 mMTris-HCl11
327.7 %satammonium sulfate11
418 %(v/v)hexylene glycol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月5日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→87.71 Å / Num. all: 27911 / Num. obs: 27911 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 87.7 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→87.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.511 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18353 1402 5 %RANDOM
Rwork0.16108 ---
obs0.16221 26509 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.963 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→87.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 17 169 2415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212307
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.9433135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74334784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6953287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.73515386
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.3450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.31939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.5196
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0930.39
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2240.342
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2470.56
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6341.51432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18222288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7913875
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9654.5847
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.189 93
Rwork0.171 1927
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 87.7 Å / Rfactor Rfree: 0.184 / Rfactor Rwork: 0.161
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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