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万見
- PDB-1kvv: Solution Structure Of Protein SRP19 Of The Archaeoglobus fulgidus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kvv
タイトルSolution Structure Of Protein SRP19 Of The Archaeoglobus fulgidus Signal Recognition Particle, Minimized Average Structure
要素SRP19
キーワードRNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / signal recognition particle / 7S RNA binding
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP19 subunit, archaeal-type / Signal recognition particle, SRP19-like subunit / Signal recognition particle, SRP19 subunit / Signal recognition particle, subunit SRP19-like superfamily / SRP19 protein / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal recognition particle 19 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法溶液NMR / Distance geometry, simulated annealing protocol
Model type detailsminimized average
データ登録者Pakhomova, O.N. / Deep, S. / Huang, Q. / Zwieb, C. / Hinck, A.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Solution structure of protein SRP19 of Archaeoglobus fulgidus signal recognition particle.
著者: Pakhomova, O.N. / Deep, S. / Huang, Q. / Zwieb, C. / Hinck, A.P.
履歴
登録2002年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SRP19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4071
ポリマ－12,4071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質 SRP19 / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN


分子量: 12406.707 Da / 分子数: 1 / 変異: C4S/C41S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF1258 / プラスミド: pET-23c(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O29010

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1324D 13C-separated NOESY
1413D 15N-separated NOESY with 13C chemical shift evolution in F2 dimension
251IPAP-HSQC
NMR実験の詳細Text: IPAP-HSQC experiment was performed in a sample of the protein in either an unstressed or mechanically stressed 8% polyacrylamide gel.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
125mM KH2PO4, 50mM NaCl, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
225mM KH2PO4, 50mM NaCl, 99.99% D2O99.99% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
175 mM 6ambient 300 K
275 mM 6ambient 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX2 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX2 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.5Bruker analytic GmbHcollection
NMRPipe1.8Delaglio,F., Grzesiek, S., Vuister, G., Zhu, W., Pfeifer, J., Bax, A.解析
PIPP4.3.1Garrett, D. C., Powers, R., Gronenborn, A.M., Clore, G. M.データ解析
X-PLOR3.851Brunger, A. T.; Clore, G.M., Gronenborn, A.M., Tjundra, N.構造決定
TALOS98.040.28.02Cornilescu, G., Delaglio, F., Bax, A.データ解析
PALES2.1Zweckstetter, M., Bax, A.データ解析
X-PLOR3.851Brunger, A.T.; Clore, G.M., Gronenborn, A.M., Tjundra, N.精密化
精密化手法: Distance geometry, simulated annealing protocol / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 886 restraints, 690 are NOE-derived distance constraints, 130 dihegral angle restraints, 66 1H-15N residual dipolar coupling restraints.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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