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万見
- PDB-1kvg: EPO-3 beta Hairpin Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kvg
タイトルEPO-3 beta Hairpin Peptide
要素Protein: EPO-3 Receptor Agonist
キーワードDE NOVO PROTEIN / beta hairpin peptide
手法溶液NMR / distance geometry, restrained molecular dynamics
データ登録者Skelton, N.J. / Russell, S. / de Sauvage, F. / Cochran, A.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Amino Acid Determinants of beta-Hairpin Conformation in Erythropoeitin Receptor Agonist Peptides Derived from a Phage Display Library
著者: Skelton, N.J. / Russell, S. / de Sauvage, F. / Cochran, A.G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Identification of a 13 amino acid peptide mimetic of erythropoietin and description of amino acids critical for the mimetic activity of EMP1
著者: Johnson, D.L. / Farrell, F.X. / Barbone, F.P. / McMahon, F.J. / Tullai, J. / Hoey, K. / Livnah, O. / Wrighton, N.C. / Middleton, S.A. / Loughney, D.A. / Dower, W.J. / Mulcahy, L.S. / Wilson, I.A. / Jolliffe, L.K.
履歴
登録2002年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AN APPROPRIATE DATABASE MATCH WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein: EPO-3 Receptor Agonist


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3341
ポリマ－1,3341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Protein: EPO-3 Receptor Agonist


分子量: 1333.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. It is a novel sequence derived from phage-display selection.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D-ROESY
121DQF-COSY
2322D-ROESY
242COSY-35
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
18 mM peptide90% H2O/10% D2O
28 mM peptide100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10 5.1 ambient 290 K
20 5.1 ambient 290 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DGII98Timothy Havel構造決定
Discover3.1Accelrys精密化
精密化手法: distance geometry, restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 70 NOE distance restraints, 8 phi and 3 chi-1 dihedral angle restraints. No hydrogen bond restraints were employed. Note that the Ha-Hb coupling constants indicate ...詳細: The structures are based on 70 NOE distance restraints, 8 phi and 3 chi-1 dihedral angle restraints. No hydrogen bond restraints were employed. Note that the Ha-Hb coupling constants indicate rotational averaging about the Phe4 chi-1 angle. Several NOEs to the aromatic ring of Phe4 were not used to generate restraints as they could be satisfied by a -60 or 180 degree rotamer, but not by both. The mean backbone atom RMSD to the mean structure within the disulfide cycle is 0.31 +/- 0.06 Angstoms.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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