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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kvc | ||||||
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タイトル | E. COLI RIBONUCLEASE HI D134N MUTANT | ||||||
![]() | RIBONUCLEASE H | ||||||
![]() | ENDORIBONUCLEASE / HYDROLASE / MUTANT | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Kashiwagi, T. / Jeanteur, D. / Haruki, M. / Katayanagi, K. / Kanaya, S. / Morikawa, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI. 著者: Kashiwagi, T. / Jeanteur, D. / Haruki, M. / Katayanagi, K. / Kanaya, S. / Morikawa, K. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Escherichia Coli Rnase Hi in Complex with Mg2+ at 2.8 A Resolution: Proof for a Single Mg(2+)-Binding Site 著者: Katayanagi, K. / Okumura, M. / Morikawa, K. #2: ![]() タイトル: Structural Details of Ribonuclease H from Escherichia Coli as Refined to an Atomic Resolution 著者: Katayanagi, K. / Miyagawa, M. / Matsushima, M. / Ishikawa, M. / Kanaya, S. / Nakamura, H. / Ikehara, M. / Matsuzaki, T. / Morikawa, K. #3: ![]() タイトル: Structure of Ribonuclease H Phased at 2 A Resolution by MAD Analysis of the Selenomethionyl Protein 著者: Yang, W. / Hendrickson, W.A. / Crouch, R.J. / Satow, Y. #4: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Ribonuclease H from E. Coli 著者: Katayanagi, K. / Miyagawa, M. / Matsushima, M. / Ishikawa, M. / Kanaya, S. / Ikehara, M. / Matsuzaki, T. / Morikawa, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 412.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 418.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17622.012 Da / 分子数: 1 / 変異: D134N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.7 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: macro-seeding | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年8月8日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 9319 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 5.07 % / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.93 Å / % possible obs: 62.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→6 Å / σ(F): 1 詳細: IDEAL BOND LENGTHS AND ANGLES USED DURING REFINEMENT: HENDRICKSON AND KONNERT INITIAL REFINEMENTS WERE DONE WITH X-PLOR 3.1 BY BRUNGER.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |