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- PDB-1kv6: X-ray structure of the orphan nuclear receptor ERR3 ligand-bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kv6
タイトルX-ray structure of the orphan nuclear receptor ERR3 ligand-binding domain in the constitutively active conformation
要素
  • ESTROGEN-RELATED RECEPTOR GAMMA
  • steroid receptor coactivator 1
キーワードGENE REGULATION / transcriptionally active conformation in absence of ligand / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


: / AF-2 domain binding / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear steroid receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior ...: / AF-2 domain binding / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear steroid receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / estrous cycle / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / steroid binding / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron differentiation / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / hippocampus development / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear estrogen receptor binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / response to estradiol / HATs acetylate histones / positive regulation of cold-induced thermogenesis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / : / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Estrogen-related receptor gamma / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Greschik, H. / Wurtz, J.-M. / Sanglier, S. / Bourguet, W. / van Dorsselaer, A. / Moras, D. / Renaud, J.-P. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Structural and Functional Evidence for Ligand-Independent Transcriptional Activation by the Estrogen-Related Receptor 3
著者: Greschik, H. / Wurtz, J.-M. / Sanglier, S. / Bourguet, W. / van Dorsselaer, A. / Moras, D. / Renaud, J.-P.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Molecular basis of agonism and antagonism in the oestrogen receptor
著者: Brzozowski, A.M. / Pike, A.C. / Dauter, Z. / Hubbard, R.E. / Bonn, T. / Engstrom, O. / Ohman, L. / Greene, G.L. / Gustafsson, J.A.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: The structural basis of estrogen receptor/coactivator recognition and the antagonism of this interaction with tamoxifen
著者: Shiau, A.K. / Barstad, D. / Loria, P.M. / Cheng, L. / Agard, D.A. / Greene, G.L.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: X-ray structure of the orphan nuclear receptor RORbeta ligand-binding domain in the active conformation
著者: Stehlin, C. / Wurtz, J.M. / Steinmetz, A. / Greiner, E. / Schuele, R. / Moras, D. / Renaud, J.P.
#4: ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2000
タイトル: Structural studies on nuclear receptors
著者: Renaud, J.P. / Moras, D.
履歴
登録2002年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGEN-RELATED RECEPTOR GAMMA
B: ESTROGEN-RELATED RECEPTOR GAMMA
C: steroid receptor coactivator 1
D: steroid receptor coactivator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7214
ポリマ－55,7214
非ポリマー00
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.317, 83.317, 240.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ESTROGEN-RELATED RECEPTOR GAMMA / ERR GAMMA-2 / nuclear receptor ERRG2 / estrogen-related receptor 3


分子量: 26084.373 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: complex with a SRC1 coactivator peptide in the absence of ligand
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3B3 / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62508
#2: タンパク質・ペプチド steroid receptor coactivator 1 / SRC-1 / nuclear receptor coactivator 1 / SRC-a/NCoA-1


分子量: 1776.072 Da / 分子数: 2 / 断片: second NR-box / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: Q13420, UniProt: Q15788*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris.HCl, ammonium sulfate, glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 60 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
31.5 Mammonium sulfate1reservoir
415 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月27日 / 詳細: diamond(111) monochromator, Ge(220) focusing
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→15 Å / Num. obs: 23306 / % possible obs: 96.7 % / Biso Wilson estimate: 71 Å2 / Rsym value: 0.049
反射 シェル解像度: 2.7→2.81 Å / Num. unique all: 2587 / Rsym value: 0.148 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 15 Å / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.148

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PBD ENTRY 3ERD

3erd


解像度: 2.7→15 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2674 1038 4.8 %random
Rwork0.2328 ---
all-24019 --
obs-21641 90.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3660 0 0 31 3691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0136
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.513
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.75 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.4406 43
Rwork0.3935 -
obs-860
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor Rwork: 0.233
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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