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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kug | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Taiwan Habu Venom Metalloproteinase complexed with its endogenous inhibitor pENW | |||||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / alpha/beta protein / retro-binding manner / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Huang, K.F. / Chiou, S.H. / Ko, T.P. / Wang, A.H.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Determinants of the inhibition of a Taiwan habu venom metalloproteinase by its endogenous inhibitors revealed by X-ray crystallography and synthetic inhibitor analogues. 著者: Huang, K.F. / Chiou, S.H. / Ko, T.P. / Wang, A.H. #1: ![]() タイトル: Characterization of multiple metalloproteinases with fibrinogenolytic activity from the venom of Taiwan habu (Trimeresurus mucrosquamatus): protein microsequencing coupled with cDNA sequence analysis. 著者: Huang, K.F. / Hung, C.C. / pan, F.M. / Chow, L.P. / Tsugita, A. / Chiou, S.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23364.824 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC PROTEASE DOMAIN / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: O57413, EC: 3.4.24.44 | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 429.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The inhibitor pENW was synthesized by solid-phase method. | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG400, sodium acetate, cadmium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→30 Å / Num. all: 121022 / Num. obs: 49996 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4604 / % possible all: 88.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 121022 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |