+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ktd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS II MHC MOLECULE IEK BOUND TO PIGEON CYTOCHROME C PEPTIDE | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Protein-peptide complex / T cell receptor / antigen presentation / cytochrome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / PD-1 signaling / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / MHC class II antigen presentation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / immunoglobulin mediated immune response / : ...Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / PD-1 signaling / Generation of second messenger molecules / Downstream TCR signaling / MHC class II antigen presentation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / immunoglobulin mediated immune response / : / mitochondrial intermembrane space / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / electron transfer activity / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / heme binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Columba livia (カワラバト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Fremont, D.H. / Dai, S. / Chiang, H. / Crawford, F. / Marrack, P. / Kappler, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2002 タイトル: Structural basis of cytochrome c presentation by IE(k). 著者: Fremont, D.H. / Dai, S. / Chiang, H. / Crawford, F. / Marrack, P. / Kappler, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ktd.cif.gz | 177.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ktd.ent.gz | 141.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ktd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ktd_validation.pdf.gz | 480.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1ktd_full_validation.pdf.gz | 498.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ktd_validation.xml.gz | 40.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ktd_validation.cif.gz | 53.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/1ktd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/1ktd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21167.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Ea / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P01904 #2: タンパク質 | 分子量: 24387.168 Da / 分子数: 2 / Mutation: T12S / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fusion protein consists of pigeon cytochrome C peptide, residues 1-14 (AADLIAYLKQASAK), Glycine rich linker, residues 15-30 (GGGGSLVGGGSGGGGS) and mouse MHC E-beta-k chain 由来: (組換発現) Columba livia (カワラバト), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 属: Columba, Mus / 生物種: , / 遺伝子: CYC, H2-Eb1 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P00021, UniProt: Q31163 #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG4000, 2-propanol, sodium acetate, ethylene glycol and ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月12日 |
放射 | モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 36433 / Num. obs: 35965 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 34 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.56 Å / % possible all: 90.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 36433 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.2 % / Num. unique obs: 5970 / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 19074514.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.5742 Å2 / ksol: 0.332858 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.364 / Num. reflection Rfree: 191 / Rfactor Rwork: 0.313 / Num. reflection Rwork: 3773 / Rfactor obs: 0.313 |