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- PDB-1kta: HUMAN BRANCHED CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE : THREE DIMENSIO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kta
タイトルHUMAN BRANCHED CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE : THREE DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE ENZYME IN ITS PYRIDOXAMINE PHOSPHATE FORM.
要素BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE, MITOCHONDRIAL
キーワードTRANSFERASE / FOLD TYPE IV
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hormone levels / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine catabolic process / branched-chain amino acid biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine biosynthetic process / Branched-chain amino acid catabolism ...regulation of hormone levels / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine catabolic process / branched-chain amino acid biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine biosynthetic process / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine biosynthetic process / cellular response to leukemia inhibitory factor / lipid metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase II / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes ...Branched-chain amino acid aminotransferase II / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / 3-METHYL-2-OXOBUTANOIC ACID / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Branched-chain-amino-acid aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yennawar, N.H. / Conway, M.E. / Yennawar, H.P. / Farber, G.K. / Hutson, S.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of human mitochondrial branched chain aminotransferase reaction intermediates: ketimine and pyridoxamine phosphate forms
著者: Yennawar, N.H. / Conway, M.E. / Yennawar, H.P. / Farber, G.K. / Hutson, S.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: The Structure of Human Mitochondrial Branched-Chain Aminotransferase
著者: Yennawar, N. / Dunbar, J. / Conway, M. / Hutson, S. / Farber, G.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1997
タイトル: Cloning of the Rat and Human Mitochondrial Branched Amino Acid Aminotransferase (Bcatm).
著者: Bledsoe, R.K. / Dawson, P.A. / Hutson, S.M.
履歴
登録2002年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE, MITOCHONDRIAL
B: BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,86113
ポリマ－82,7362
非ポリマー1,12511
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area28310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.450, 105.308, 107.829
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE, MITOCHONDRIAL / BCAT(M)


分子量: 41368.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: O15382, branched-chain-amino-acid transaminase

-
非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-KIV / 3-METHYL-2-OXOBUTANOIC ACID / ALPHA-KETOISOVALERIC ACID / KETOVALINE / α-ケトイソ吉草酸


分子量: 116.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化pH: 6.9 / 詳細: pH 6.90
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Yennawar, N., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 506.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1drop
320 mMdithiothreitol1drop
450 mMEDTA1drop
522-30 %PEG15001reservoir
6100 mMHEPES1reservoir
720 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 223 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0721
検出器検出器: CCD / 日付: 1999年4月20日
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0721 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 62273 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 0.215
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 0.022 / % possible all: 91.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 246448
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 2153684.73 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: THE ATOMS OF THE HET GROUP KIV REPRESENT THE PRODUCT, KETO ISO VALERATE OF THE REACTION. THESE ATOMS APPEAR ONLY AT LOW CONTOUR LEVELS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 3077 5 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs-61024 96.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.6841 Å2 / ksol: 0.333217 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.24 Å20 Å20 Å2
2---3.02 Å20 Å2
3---9.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5820 0 74 243 6137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.711.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.672.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 483 5 %
Rwork0.294 9148 -
obs--93.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PMP.PARAMPMP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ACY+GLYC.PARAMACY+GLYC.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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