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万見
- PDB-1ksq: NMR Study of the Third TB Domain from Latent Transforming Growth ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ksq
タイトルNMR Study of the Third TB Domain from Latent Transforming Growth Factor-beta Binding Protein-1
要素LATENT TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA BINDING PROTEIN 1
キーワードPROTEIN BINDING / latent transforming growth factor-beta binding protein-1 / LTBP-1 / TGF-beta / TB domain / latency associated propeptide / LAP
機能・相同性
機能・相同性情報


sequestering of TGFbeta in extracellular matrix / establishment of protein localization to extracellular region / microfibril / microfibril binding / transforming growth factor beta receptor activity / receptor ligand inhibitor activity / transforming growth factor beta binding / Molecules associated with elastic fibres / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / extracellular matrix ...sequestering of TGFbeta in extracellular matrix / establishment of protein localization to extracellular region / microfibril / microfibril binding / transforming growth factor beta receptor activity / receptor ligand inhibitor activity / transforming growth factor beta binding / Molecules associated with elastic fibres / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / extracellular matrix / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / : / molecular adaptor activity / endoplasmic reticulum lumen / calcium ion binding / protein-containing complex / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / TB domain / Extracellular Matrix Fibrillin / TGF-beta binding (TB) domain / TB domain / TGF-beta binding (TB) domain superfamily / TGF-beta binding (TB) domain profile. / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / : ...: / TB domain / Extracellular Matrix Fibrillin / TGF-beta binding (TB) domain / TB domain / TGF-beta binding (TB) domain superfamily / TGF-beta binding (TB) domain profile. / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Latent-transforming growth factor beta-binding protein 1 / Latent-transforming growth factor beta-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lack, J. / O'leary, J.M. / Knott, V. / Yuan, X. / Rifkin, D.B. / Handford, P.A. / Downing, A.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Solution Structure of the Third TB Domain from LTBP1 Provides Insight into Assembly of the Large Latent Complex that Sequesters Latent TGF-beta.
著者: Lack, J. / O'leary, J.M. / Knott, V. / Yuan, X. / Rifkin, D.B. / Handford, P.A. / Downing, A.K.
履歴
登録2002年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn ...database_2 / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LATENT TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA BINDING PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0601
ポリマ－8,0601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 LATENT TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA BINDING PROTEIN 1 / Transforming growth factor beta-1 binding protein 1 / TGF-beta1-BP-1


分子量: 8060.024 Da / 分子数: 1 / 断片: Third TB Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTBP1 / プラスミド: pQE30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): LTBP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22064, UniProt: Q14766*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1222D NOESY
131HMQC-J
NMR実験の詳細Text: 3D NOESY mixing time 150ms 2D NOESY mixing time 90ms

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.7 mM [U-15N] TB3-LTBP-1, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution21.2 mM [U-15N] TB3-LTBP-1, 99.9% D2Osample_299.9% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.7 mMTB3-LTBP-1[U-15N]1
1.2 mMTB3-LTBP-1[U-15N]2
試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
GE OMEGAGEOMEGA6001
GE OMEGAGEOMEGA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851Brungerstructure calculation
NMRView3.1.2Johnson, One Moon Scientificデータ解析
Felix2.3Accelrys Software Inc.データ解析
X-PLOR3.1Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
詳細: The structures are based on a total of 1676 restraints, 1610 NOE-derived distance constraints, 36 distance restraints for 18 hydrogen bonds, and 30 dihedral angle phi restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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