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- PDB-1ksp: DNA polymerase I Klenow fragment (E.C.2.7.7.7) mutant/DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ksp
タイトルDNA polymerase I Klenow fragment (E.C.2.7.7.7) mutant/DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*PST)-3')
  • PROTEIN (DNA POLYMERASE I-KLENOW FRAGMENT (E.C.2.7.7.7))
キーワードTRANSFERASE/DNA / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / EXONUCLEASE / PHOSPHOROTHIOATE / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' exonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair ...5'-3' exonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
3'-5' exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 ...3'-5' exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID-BODY REFINEMENT / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Brautigam, C.A. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structural principles for the inhibition of the 3'-5' exonuclease activity of Escherichia coli DNA polymerase I by phosphorothioates.
著者: Brautigam, C.A. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991
タイトル: Structural Basis for the 3'-5' Exonuclease Activity of Escherichia Coli DNA Polymerase I: A Two Metal Ion Mechanism
著者: Beese, L.S. / Steitz, T.A.
履歴
登録1997年8月19日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(P*TP*TP*PST)-3')
A: PROTEIN (DNA POLYMERASE I-KLENOW FRAGMENT (E.C.2.7.7.7))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2084
ポリマ－69,0772
非ポリマー1312
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.560, 101.560, 85.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*PST)-3')


分子量: 883.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (DNA POLYMERASE I-KLENOW FRAGMENT (E.C.2.7.7.7)) / LARGE FRAGMENT


分子量: 68193.750 Da / 分子数: 1 / Mutation: V324M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PCJ155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CJ 376 / キーワード: MUTATION: V324M / 参照: UniProt: P00582, DNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 5.8 / 詳細: 1.4 M NA CITRATE PH 5.8
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 64 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Brick, P., (1983) J. Mol. Biol., 166, 453.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.1-1.2 Msodium citrate1reservoir
220 mMPIPES1drop
31 mMdithiothreitol1drop
40.02 %1dropNaN3
510 mg/mlprotain1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 200444 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.407 / % possible all: 96.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 31495 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Num. measured all: 200444 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.34 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID-BODY REFINEMENT
開始モデル: IN-HOUSE HIGH-RESOLUTION STRUCTURE

解像度: 2.3→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: ONLY THE THREE 3'-TERMINAL BASES OF THE DNA COULD BE MODELED INTO ELECTRON DENSITY. ONLY THE LAST PHOSPHATE IS MODIFIED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3212 10 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs-31495 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 20 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4753 61 2 210 5026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.33 Å / Total num. of bins used: 30 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 65 10 %
Rwork0.298 711 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2CHAD_PARAM.DNACHAD_TOP.DNA
X-RAY DIFFRACTION3NEWPARAM.EXP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 38.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.3301 / Rfactor Rwork: 0.2977

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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