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- PDB-1kso: CRYSTAL STRUCTURE OF APO S100A3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kso
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF APO S100A3
要素S100 CALCIUM-BINDING PROTEIN A3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / S100 / EF-hand / Ca2+ binding protein / Zn2+ binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / calcium-dependent protein binding / calcium ion binding / Golgi apparatus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-100 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Mittl, P.R. / Fritz, G. / Sargent, D.F. / Richmond, T.J. / Heizmann, C.W. / Grutter, M.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Metal-free MIRAS phasing: structure of apo-S100A3.
著者: Mittl, P.R. / Fritz, G. / Sargent, D.F. / Richmond, T.J. / Heizmann, C.W. / Grutter, M.G.
履歴
登録2002年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月14日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S100 CALCIUM-BINDING PROTEIN A3
B: S100 CALCIUM-BINDING PROTEIN A3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4512
ポリマ－23,4512
非ポリマー00
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area9470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.769, 58.769, 45.338
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 S100 CALCIUM-BINDING PROTEIN A3 / S-100E PROTEIN / S-100E PROTEIN


分子量: 11725.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Plasmid details: PMALC2 / プラスミド: PMALC2-A3 / 遺伝子 (発現宿主): S100A3, S100E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TB-1 / 参照: UniProt: P33764
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: tris, ammonium sulfate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1410.934
回転陽極ENRAF-NONIUS FR57121.5418
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2001年3月20日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE2000年10月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9341
21.54181
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 19298 / Num. obs: 18292 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2
反射 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / % possible all: 89.1
反射
*PLUS
Num. obs: 19298 / Num. measured all: 34465 / Rmerge(I) obs: 0.038
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.76 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.7→19.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 594645 / Data cutoff high rms absF: 594645 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1800 9.8 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 18292 94.9 %-
all-18292 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.3968 Å2 / ksol: 0.351812 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.96 Å20.18 Å20 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3---3.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1510 0 0 199 1709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.63
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.641.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.882.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 304 10.5 %
Rwork0.247 2578 -
obs--89.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.194 / Rfactor Rfree: 0.225 / Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.63
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.279 / Rfactor Rwork: 0.247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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