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- PDB-1ksh: Complex of Arl2 and PDE delta, Crystal Form 2 (native) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ksh
タイトルComplex of Arl2 and PDE delta, Crystal Form 2 (native)
要素
  • RETINAL ROD RHODOPSIN-SENSITIVE CGMP 3',5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE DELTA-SUBUNIT
  • arf-like protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN/HYDROLASE / small GTPase / small GTP-binding protein / Arf family / effector molecule / immunoglobuline-like fold / GDI / SIGNALING PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / RAS processing / GTPase inhibitor activity / negative regulation of GTPase activity / bicellular tight junction assembly / maintenance of protein location in nucleus / centrosome cycle / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of glycolytic process ...Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / RAS processing / GTPase inhibitor activity / negative regulation of GTPase activity / bicellular tight junction assembly / maintenance of protein location in nucleus / centrosome cycle / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of glycolytic process / regulation of aerobic respiration / regulation of microtubule polymerization / lateral plasma membrane / positive regulation of microtubule polymerization / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / RAS processing / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / GDP binding / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / ciliary basal body / cilium / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / centrosome / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor-like protein 2 / ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / GMP phosphodiesterase, delta subunit / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3', 5'-cyclic phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Small GTPase Arf domain profile. / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases ...ADP-ribosylation factor-like protein 2 / ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / GMP phosphodiesterase, delta subunit / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3', 5'-cyclic phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Small GTPase Arf domain profile. / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Distorted Sandwich / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin E-set / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta / ADP-ribosylation factor-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / combination of Molecular Replacement, SAD phasing / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hanzal-Bayer, M. / Renault, L. / Roversi, P. / Wittinghofer, A. / Hillig, R.C.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: The complex of Arl2-GTP and PDE delta: from structure to function.
著者: Hanzal-Bayer, M. / Renault, L. / Roversi, P. / Wittinghofer, A. / Hillig, R.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Coexpression, copurification, crystallization and preliminary X-ray analysis of a complex of Arl2-GTP and PDE delta
著者: Renault, L. / Hanzal-Bayer, M. / Hillig, R.C.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Structural and biochemical properties show Arl3-GDP as a distinct GTP-binding protein
著者: Hillig, R.C. / Hanzal-Bayer, M. / Linari, M. / Becker, J. / Wittinghofer, A. / Renault, L.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: The delta subunit of rod specific cyclic GMP phosphodiesterase, PDE delta, interacts with the Arf-like protein Arl3 in a GTP specific manner
著者: Linari, M. / Hanzal-Bayer, M. / Becker, J.
履歴
登録2002年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: arf-like protein 2
B: RETINAL ROD RHODOPSIN-SENSITIVE CGMP 3',5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE DELTA-SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3345
ポリマ－38,7712
非ポリマー5623
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.454, 65.395, 104.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The deposited coordinates represent the biological assembly (consisting of one Arl2 molecule (bound to GDP/PO4) and one PDE delta molecule).

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 arf-like protein 2


分子量: 21110.170 Da / 分子数: 1 / 変異: S33L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: ARL2 / プラスミド: pGEX KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9D0J4
#2: タンパク質 RETINAL ROD RHODOPSIN-SENSITIVE CGMP 3',5'-CYCLIC PHOSPHODIESTERASE DELTA-SUBUNIT / GMP-PDE DELTA / P17 PROTEIN


分子量: 17661.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE6D or PDED / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: O43924, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase

-
非ポリマー , 4種, 127分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 5000 MME, HEPES, MgCl2, beta mercaptoethanol, GTP, glycerol/xylitol as cryo protectant, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
詳細: Renault, L., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 1167.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19-12 %PEG5000 MME1reservoir
20.1 MHEPES1reservoirpH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→34.7 Å / Num. all: 28815 / Num. obs: 28815 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 38.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.042
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.9 % / Rmerge(I) obs: 0.316

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
ARP/wARPモデル構築
SHARP(SAD PHASING)位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: combination of Molecular Replacement, SAD phasing
開始モデル: ARL3-GDP, pdb entry 1fzq

1fzq


解像度: 1.8→34.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1490569.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 2725 9.9 %RANDOM
Rwork0.244 ---
all0.247 27584 --
obs0.247 27584 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.4906 Å2 / ksol: 0.315861 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.44 Å20 Å20 Å2
2---7.43 Å20 Å2
3----0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2536 0 34 124 2694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 414 10.1 %
Rwork0.413 3678 -
obs--86.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1NEW_PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3GDP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最低解像度: 34.7 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.247 / Rfactor obs: 0.244 / Rfactor Rfree: 0.271 / Rfactor Rwork: 0.244
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.71
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.45 / Rfactor Rwork: 0.413 / Rfactor obs: 0.413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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