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- PDB-1fzq: CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE ARL3-GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fzq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MURINE ARL3-GDP
要素ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein-GDP complex without magnesium / ARF family / Ras Superfamily / G-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / photoreceptor cell development / protein localization to ciliary membrane / intraciliary transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / ciliary transition zone / photoreceptor connecting cilium / Golgi to plasma membrane transport / smoothened signaling pathway / small GTPase-mediated signal transduction ...Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / photoreceptor cell development / protein localization to ciliary membrane / intraciliary transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / ciliary transition zone / photoreceptor connecting cilium / Golgi to plasma membrane transport / smoothened signaling pathway / small GTPase-mediated signal transduction / mitotic cytokinesis / axoneme / cilium assembly / cytoplasmic microtubule / spindle microtubule / kidney development / GDP binding / protein transport / midbody / microtubule binding / cilium / ciliary basal body / Golgi membrane / GTPase activity / centrosome / GTP binding / magnesium ion binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / AMMONIUM ION / ADP-ribosylation factor-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hillig, R.C. / Hanzal-Bayer, M. / Linari, M. / Becker, J. / Wittinghofer, A. / Renault, L.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Structural and biochemical properties show ARL3-GDP as a distinct GTP binding protein.
著者: Hillig, R.C. / Hanzal-Bayer, M. / Linari, M. / Becker, J. / Wittinghofer, A. / Renault, L.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: The Delta Subunit of Rod Specific Cyclic GMP Phophodiesterase, PDE Delta, Interacts with the Arf-like Protein Arl3 in a GTP Specific Manner
著者: Linari, M. / Hanzal-Bayer, M. / Becker, J.
履歴
登録2000年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2296
ポリマ－20,3801
非ポリマー8495
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.421, 64.583, 40.386
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological active unit is most probably a monomer. The electron density map showed a disulphide bridge between Cys 118 and a symmetry-related Cys 118 of a crystal neighbour. This is considered to be a crystallization artefact and was not included in the model.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 3 / ARF-LIKE PROTEIN 3 / ARL3


分子量: 20380.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WUL7

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非ポリマー , 5種, 168分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: ammonium sulphate, MES, magnesium chloride, DTE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
129 mg/mlprotein1drop
21.60-1.96 Mammonium sulfate1reservoir
3MES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.782
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.62 Å / Num. all: 22084 / Num. obs: 22047 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.1 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 1098 / % possible all: 98.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: human ARF1-GDP, PDB ENTRY 1HUR

1hur


解像度: 1.7→29.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 114931615.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2005 9.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.215 22047 --
obs0.215 22047 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.72 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.43 Å20 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3---1.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1414 0 51 163 1628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.122.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 326 9.1 %
Rwork0.236 3271 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GDP.PARAMGDP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5MES.PARAMMES.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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