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万見
- PDB-1ks6: Transforming Growth Factor Beta type II receptor ligand binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ks6
タイトルTransforming Growth Factor Beta type II receptor ligand binding domain
要素TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA TYPE II RECEPTOR
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / THREE FINGER TOXIN FOLD / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


TGF-beta receptor signaling activates SMADs / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / transforming growth factor beta receptor activity, type II / detection of hypoxia / activin receptor activity / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of tight junction disassembly / negative regulation of macrophage cytokine production / transforming growth factor beta receptor activity ...TGF-beta receptor signaling activates SMADs / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / transforming growth factor beta receptor activity, type II / detection of hypoxia / activin receptor activity / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of tight junction disassembly / negative regulation of macrophage cytokine production / transforming growth factor beta receptor activity / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / eye development / cell activation / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / activin binding / type I transforming growth factor beta receptor binding / cell-cell junction organization / glycosaminoglycan binding / response to cholesterol / transforming growth factor beta binding / regulation of growth / face morphogenesis / SMAD binding / embryonic organ development / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of stress fiber assembly / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / extracellular matrix / caveola / response to progesterone / positive regulation of protein secretion / lung development / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cell migration / heart development / membrane => GO:0016020 / receptor complex / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / membrane raft / external side of plasma membrane / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of gene expression / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Ribbon / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Ribbon / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TGF-beta receptor type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Marlow, M.S. / Brown, C.B. / Barnett, J.V. / Krezel, A.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Solution structure of the chick TGFb type II receptor ligand binding domain
著者: Marlow, M.S. / Brown, C.B. / Barnett, J.V. / Krezel, A.M.
履歴
登録2002年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA TYPE II RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0671
ポリマ－12,0671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #6closest to the average

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要素

#1: タンパク質 TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA TYPE II RECEPTOR / TGFb type II receptor


分子量: 12066.688 Da / 分子数: 1
断片: LIGAND BINDING DOMAIN, SEQUENCE DATABASE RESIDUES 34-142
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: pET-32 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q90999

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1333D 13C-separated NOESY
142HNCA-J

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2mM TbRII Natural Abundance100% D2O
21-2mM TbRII U-15N,13C90% H2O/10% D2O
31-2mM TbRII U-15N,13C100% D2O
試料状態イオン強度: 1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guentert構造決定
DYANA1.5Guentert精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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