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万見
- PDB-1krl: Crystal Structure of Racemic DL-monellin in P-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1krl
タイトルCrystal Structure of Racemic DL-monellin in P-1
要素
  • MONELLIN, CHAIN A
  • MONELLIN, CHAIN B
キーワードPLANT PROTEIN / alpha-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix Hairpins - #2000 / N-terminal domain of TfIIb - #130 / Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / Monellin / Monellin / N-terminal domain of TfIIb / Cystatin superfamily / Other non-globular ...Helix Hairpins - #2000 / N-terminal domain of TfIIb - #130 / Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / Monellin / Monellin / N-terminal domain of TfIIb / Cystatin superfamily / Other non-globular / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Monellin chain A / Monellin chain B
類似検索 - 構成要素
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hung, L.W. / Kohmura, M. / Ariyoshi, Y. / Kim, S.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural differences in D and L-monellin in the crystals of racemic mixture.
著者: Hung, L.W. / Kohmura, M. / Ariyoshi, Y. / Kim, S.H.
履歴
登録2002年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年3月28日Group: Other
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MONELLIN, CHAIN A
B: MONELLIN, CHAIN B
C: MONELLIN, CHAIN A
D: MONELLIN, CHAIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2034
ポリマ－22,2034
非ポリマー00
水4,234235
1
A: MONELLIN, CHAIN A
B: MONELLIN, CHAIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1022
ポリマ－11,1022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: MONELLIN, CHAIN A
D: MONELLIN, CHAIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1022
ポリマ－11,1022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.710, 49.070, 53.120
Angle α, β, γ (deg.)90.55, 94.33, 90.31
Int Tables number2
Space group name H-MP-1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MONELLIN, CHAIN A / CHAIN I


分子量: 5259.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 参照: UniProt: P02881
#2: タンパク質・ペプチド MONELLIN, CHAIN B / CHAIN II


分子量: 5841.647 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 参照: UniProt: P02882
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Phosphate buffer, PEG8000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12 mg/mlsynthetic L-monellin1drop
22 mg/mlsynthetic D-monellin1drop
310 mMsodium phosphate1droppH7.2
414 %(w/v)PEG80001drop
510 mMsodium phosphate1reservoirpH7.2
628 %(w/v)PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月10日 / 詳細: Yale mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 36070 / Num. obs: 31453 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 10.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 31453 / % possible all: 41.8
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 31489

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Single Chain Monellin

解像度: 1.9→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 267815.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 2178 9.8 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs-22299 74.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 129.389 Å2 / ksol: 0.795121 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20.47 Å2-0.48 Å2
2--0.74 Å2-0.67 Å2
3----0.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1532 0 0 235 1767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d3.18
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.721.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.72
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.162
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.152.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 264 9.5 %
Rwork0.306 2517 -
obs--56.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection all: 26867 / Num. reflection obs: 23409 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor obs: 0.255 / Rfactor Rfree: 0.298
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.76
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg3.18
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.721.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.162
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.72
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.152.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.308 / % reflection Rfree: 9.5 % / Rfactor Rwork: 0.306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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