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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1krf | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF P. CITRINUM ALPHA 1,2-MANNOSIDASE REVEALS THE BASIS FOR DIFFERENCES IN SPECIFICITY OF THE ER AND GOLGI CLASS I ENZYMES | |||||||||
![]() | Mannosyl-oligosaccharide alpha-1,2-mannosidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / (ALPHA/ALPHA)7-BARREL | |||||||||
機能・相同性 | ![]() mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase / mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity / protein glycosylation / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lobsanov, Y.D. / Vallee, F. / Imberty, A. / Yoshida, T. / Yip, P. / Herscovics, A. / Howell, P.L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Penicillium citrinum alpha 1,2-mannosidase reveals the basis for differences in specificity of the endoplasmic reticulum and Golgi class I enzymes. 著者: Lobsanov, Y.D. / Vallee, F. / Imberty, A. / Yoshida, T. / Yip, P. / Herscovics, A. / Howell, P.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 758.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 777 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 56626.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: msdC / プラスミド: pTAPM1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P31723, mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase |
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-糖 , 2種, 6分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 200分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/KIF.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/KIF.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 6000, potassium phosphate, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年3月20日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→50 Å / Num. all: 57692 / Num. obs: 57692 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.91 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.2 Å / Rsym value: 0.376 / % possible all: 89.3 |
反射 | *PLUS 冗長度: 3.91 % / Num. measured all: 225764 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.3 % / Rmerge(I) obs: 0.376 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1KKT 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.199 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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