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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kr1 | |||||||||
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タイトル | Hevamine Mutant D125A/E127A in Complex with Tetra-NAG | |||||||||
![]() | Hevamine A | |||||||||
![]() | HYDROLASE / chitinase/lysozyme | |||||||||
機能・相同性 | ![]() chitinase / vacuole / chitinase activity / chitin catabolic process / polysaccharide catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rozeboom, H.J. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Expression and Characterization of Active Site Mutants of Hevamine, a Chitinase from the Rubber Tree Hevea brasiliensis. 著者: Bokma, E. / Rozeboom, H.J. / Sibbald, M. / Dijkstra, B.W. / Beintema, J.J. #1: ![]() タイトル: The 1.8 A Resolution Structure of Hevamine, a Plant Chitinase/Lysozyme, and Analysis of the Conserved Sequence and Structure Motifs of Glycosyl Hydrolase Family 18. 著者: Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Hennig, M. / Dijkstra, B.W. #2: ![]() タイトル: Stereochemistry of Chitin Hydrolysis by a Plant Chitinase/Lysozyme and X-ray Structure of a Complex with Allosamidin: Evidence for Substrate Assisted Catalysis. 著者: Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Armand, S. / Kalk, K.H. / Isogai, A. / Henrissat, B. / Dijkstra, B.W. #3: ![]() タイトル: Crystal Structures of Hevamine, a Plant Defence Protein with Chitinase and Lysozyme Activity, and its Complex with an Inhibitor. 著者: Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Kalk, K.H. / Beintema, J.J. / Dijkstra, B.W. #4: ![]() タイトル: Crystallization of Hevamine, an Enzyme with Lysozyme/Chitinase Activity from Hevea brasiliensis Latex. 著者: Rozeboom, H.J. / Budiani, A. / Beintema, J.J. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29471.139 Da / 分子数: 1 / 変異: D125A/E127A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: p23472, UniProt: P23472*PLUS, chitinase, lysozyme |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 1.1-1.4 M / 一般名: ammonium sulfate / 詳細: or 10-30%(w/v) PEG3350, pH7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 16059 / Num. obs: 16059 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 11.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1035 / % possible all: 96.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 34.4 Å / Num. obs: 16542 / Num. measured all: 83761 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2HVM 解像度: 2→34.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1319911.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.2105 Å2 / ksol: 0.363768 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→34.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.2 % / Rfactor obs: 0.165 / Rfactor Rfree: 0.234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 16.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.289 / % reflection Rfree: 6.4 % / Rfactor Rwork: 0.229 |