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- PDB-1llo: HEVAMINE A (A PLANT ENDOCHITINASE/LYSOZYME) COMPLEXED WITH ALLOSAMIDIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1llo
タイトルHEVAMINE A (A PLANT ENDOCHITINASE/LYSOZYME) COMPLEXED WITH ALLOSAMIDIN
要素Hevamine-A
キーワードHYDROLASE / CHITINASE / LYSOZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / endochitinase activity / vacuole / chitinase / chitin catabolic process / polysaccharide catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinase Cts1-like / : / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Chitinase Cts1-like / : / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Allosamidin / ALLOSAMIZOLINE / Hevamine-A
類似検索 - 構成要素
生物種Hevea brasiliensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Armand, S. / Kalk, K.H. / Isogai, A. / Henrissat, B. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Stereochemistry of chitin hydrolysis by a plant chitinase/lysozyme and X-ray structure of a complex with allosamidin: evidence for substrate assisted catalysis.
著者: Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Armand, S. / Kalk, K.H. / Isogai, A. / Henrissat, B. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal Structures of Hevamine, a Plant Defence Protein with Chitinase and Lysozyme Activity, and its Complex with an Inhibitor
著者: Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Kalk, K.H. / Beintema, J.J. / Dijkstra, B.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystallization of Hevamine, an Enzyme with Lysozyme(Slash)Chitinase Activity from Hevea Brasiliensis Latex
著者: Rozeboom, H.J. / Budiani, A. / Beintema, J.J. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録1995年11月8日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02022年3月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
改定 4.02022年6月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 4.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hevamine-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2143
ポリマ－29,5731
非ポリマー6412
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.330, 57.990, 82.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: ALA 31 - PHE 32 OMEGA = 8.53 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: CIS PROLINE - PRO 162
3: TRP 255 - SER 256 OMEGA = 4.28 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

#1: タンパク質 Hevamine-A


分子量: 29573.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hevea brasiliensis (植物) / 組織: LATEX / 参照: UniProt: P23472, chitinase, lysozyme
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-allopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: Allosamidin
記述子タイププログラム
DAllpNAcb1-4DAllpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2222h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-AllpNAc]{[(4+1)][b-D-AllpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-AMI / ALLOSAMIZOLINE


タイプ: Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 216.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N2O4 / 参照: Allosamidin
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.68 %
結晶化pH: 4 / 詳細: pH 4.0
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 42 %
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
220 mMBES1drop
31.7-3.4 Msodium chloride1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月18日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.039
反射
*PLUS
最高解像度: 1.82 Å / Num. obs: 22218 / % possible obs: 98.7 % / Num. measured all: 91378 / Rmerge(I) obs: 0.039
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.82 Å / 最低解像度: 1.85 Å / % possible obs: 0.732 % / Rmerge(I) obs: 0.149

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
TNT精密化
精密化解像度: 1.85→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 --
obs0.146 21425 98.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2087 0 43 189 2319
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 13.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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