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- PDB-1kqx: Crystal structure of apo-CRBP from zebrafish -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kqx
タイトルCrystal structure of apo-CRBP from zebrafish
要素Cellular retinol-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / retinol / vitamin A / retinol-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid metabolism and transport / fatty acid transport / fatty acid binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular retinol-binding protein type II
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Calderone, V. / Folli, C. / Marchesani, A. / Berni, R. / Zanotti, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Identification and structural analysis of a zebrafish apo and holo cellular retinol-binding protein.
著者: Calderone, V. / Folli, C. / Marchesani, A. / Berni, R. / Zanotti, G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallographic Studies on a Family of Cellular Lipophilic Transport Proteins. Refinement of P2 Myelin Protein and the Structure Determination and Refinement of Cellular Retinol- ...タイトル: Crystallographic Studies on a Family of Cellular Lipophilic Transport Proteins. Refinement of P2 Myelin Protein and the Structure Determination and Refinement of Cellular Retinol-binding Protein in Complex with All-trans-retinol
著者: Cowan, S.W. / Newcomer, M.E. / Jones, T.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystal structures of holo and apo-cellular retinol-binding protein II
著者: Winter, N.S. / Bratt, J.M. / Banaszak, L.J.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Identification, retinoid binding and X-ray analysis of a human retinol-binding protein
著者: Folli, C. / Calderone, V. / Ottonello, S. / Bolchi, A. / Zanotti, G. / Stoppini, M. / Berni, R.
履歴
登録2002年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular retinol-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7001
ポリマ－15,7001
非ポリマー00
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.759, 88.759, 38.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Cellular retinol-binding protein / CRBP


分子量: 15699.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8UVG6
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, Ammonium acetate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 %(w/v)PEG40001reservoir
20.1 Msodium citrate1reservoir
30.2 Mammonium acetate1reservoirpH5.6
48.0 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 16380 / Num. obs: 16380 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2191 / Rsym value: 0.294 / % possible all: 92
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 28 Å / Num. obs: 16261 / Num. measured all: 143455 / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.294

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: holo rat CRBPII

解像度: 1.7→28.06 Å / Num. parameters: 4963 / Num. restraintsaints: 4485 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2797 805 5.2 %RANDOM
Rwork0.1954 ---
all0.2032 16211 --
obs0.2032 16211 92.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1237
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1103 0 0 126 1229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0274
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.049
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.088
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.2032 / Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.187
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.9
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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