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- PDB-1kqq: Solution Structure of the Dead ringer ARID-DNA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kqq
タイトルSolution Structure of the Dead ringer ARID-DNA Complex
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*G)-3'
  • DEAD RINGER PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ARID / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of female receptivity / salivary gland development / male courtship behavior / embryonic pattern specification / gliogenesis / dendrite morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / muscle organ development / oogenesis / axon guidance ...regulation of female receptivity / salivary gland development / male courtship behavior / embryonic pattern specification / gliogenesis / dendrite morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / muscle organ development / oogenesis / axon guidance / DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
REKLES domain / AT-rich interactive domain-containing protein 3 / REKLES domain profile. / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain ...REKLES domain / AT-rich interactive domain-containing protein 3 / REKLES domain profile. / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein dead ringer
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Iwahara, J. / Iwahara, M. / Daughdrill, G.W. / Ford, J. / Clubb, R.T.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2002
タイトル: The structure of the Dead ringer-DNA complex reveals how AT-rich interaction domains (ARIDs) recognize DNA.
著者: Iwahara, J. / Iwahara, M. / Daughdrill, G.W. / Ford, J. / Clubb, R.T.
履歴
登録2002年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*G)-3'
A: DEAD RINGER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3243
ポリマ－25,3243
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*G)-3'


分子量: 4631.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*G)-3'


分子量: 4546.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 DEAD RINGER PROTEIN


分子量: 16145.514 Da / 分子数: 1 / Fragment: A/T Rich Interaction Domain / Mutation: F355L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: dri / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q24573

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNHA
1423D 13C-separated NOESY
1522D F1F2 13C-filtered NOESY
1613D F1 13C15N-filtered F2 13C-edited NOESY
1713D F1 13C15N-filtered F2 15N-edited NOESY
1822D F2 13C-filtered NOESY
1922D F1 13C-filtered JUNSY
11013D HNHB
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR methods along with various isotope-filtered techniques. Residues 1-2 and 134-139 are disordered in solution.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.0mM Dead ringer-DNA complex (protein U-13C,15N, DNA NA) 20mM Tris U-2H, 0.01% NaN3 NA, 0.5mM EDTA NA, 5mM DTT U-2H93% H2O/7% D2O
21.4mM Dead ringer-DNA complex (protein U-13C,15N, DNA NA) 20mM Tris U-2H, 0.01% NaN3 NA, 0.5mM EDTA NA, 5mM DTT U-2H100% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
NMRPipe2Delaglio解析
NMRView4.3Johnsonデータ解析
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 3402 restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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