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万見
- PDB-1kqi: NMR Solution Structure of the trans Pro30 Isomer of ACTX-Hi:OB4219 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kqi
タイトルNMR Solution Structure of the trans Pro30 Isomer of ACTX-Hi:OB4219
要素ACTX-Hi:OB4219
キーワードTOXIN / Hadronyche infensa / funnel web / spider venom / cis-trans isomerisation / disulfide rich / cystine knot / solution structure / NMR spectroscopy
機能・相同性Beta/delta-agatoxin family / Mu-agatoxin family signature. / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / U2-hexatoxin-Hi1a
機能・相同性情報
生物種Hadronyche infensa (クモ)
手法溶液NMR / Torsion angle dynamics. Refinement, energy minimization in a water shell using Cartesian dynamics, powell minimization.
データ登録者Rosengren, K.J. / Wilson, D. / Daly, N.L. / Alewood, P.F. / Craik, D.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Solution structures of the cis- and trans-Pro30 isomers of a novel 38-residue toxin from the venom of Hadronyche Infensa sp. that contains a cystine-knot motif within its four disulfide bonds
著者: Rosengren, K.J. / Wilson, D. / Daly, N.L. / Alewood, P.F. / Craik, D.J.
履歴
登録2002年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTX-Hi:OB4219


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2311
ポリマ－4,2311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ACTX-Hi:OB4219


分子量: 4230.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Hadronyche infensa found at Orchid Beach, Fraser Island, Australia
由来: (天然) Hadronyche infensa (クモ) / 参照: UniProt: P60272*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
121NOESY
131TOCSY
142E-COSY
152NOESY
162TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13mg ACTX-Hi:OB42190.5 ml 80% H2O/10% D2O/10% CH3CN
23mg ACTX-Hi:OB42190.5 ml 90% D2O/10% CH3CN
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10 mM 5.0 ambient 298 K
20 mM 5.0 ambient 293 K
30 mM 5.0 ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker AMXBrukerAMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker解析
XEASY1.3.7Eccles, C., Guntert, P., Billeter, M., Wuthrich, K.データ解析
DYANA1.5Guntert, P., Mumenthaler, C., Wuthrich, K.構造決定
CNS1Brunger, A.T. et al.構造決定
ARIA1Linge, J.P., O'Donoghue, S.I., Nilges, M.N.精密化
精密化手法: Torsion angle dynamics. Refinement, energy minimization in a water shell using Cartesian dynamics, powell minimization.
ソフトェア番号: 1
詳細: Initial structures were generated by torsion angle dynamics. These were then refined and minimized in a water shell using Cartesian dynamics and restrained powell minimization according to ARIA and CNS protocols.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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