PDB-1kpz: PEMV-1 P1-P2 Frameshifting Pseudoknot Regularized Average Structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kpz

タイトル

PEMV-1 P1-P2 Frameshifting Pseudoknot Regularized Average Structure

要素

P1-P2 frameshifting pseudoknot

キーワード

RNA / Pseudoknot / Frameshifting / Luteovirus / Triple Helix / Protonated Cytidine / Ribonucleic Acid

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR

Model type details

minimized average

データ登録者

Nixon, P.L. / Giedroc, D.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Solution structure of a luteoviral P1-P2 frameshifting mRNA pseudoknot
著者: Nixon, P.L. / Rangan, A. / Kim, Y.-G. / Rich, A. / Hoffman, D.W. / Hennig, M. / Giedroc, D.P.

履歴

登録	2002年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _citation_author.name
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kpz.cif.gz	28.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kpz.ent.gz	20.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kpz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/1kpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/1kpz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kpyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rgj-d 2ln8-d 2jym-d 2l8c-d 1tac-d 2crs-d 1hxv-d 7bad-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
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#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
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エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
#15 - 2001年3月
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アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
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#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: P1-P2 frameshifting pseudoknot

10.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル		minimized average structure

#1: RNA鎖	P1-P2 frameshifting pseudoknot 分子量: 10640.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Naturally occuring sequence of the P1-P2 frameshifting pseudoknot from Pea Enation Mosaic Virus type I. In vitro SP6 Transcription.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
2	2	1	2D NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 2 mM PEMV-1 RNA / 溶媒系: 10 mM KPO4, pH 6.0, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	100 mM KCl, 5 mM MgCl2	6	atmospheric atm	283 K
2	100 mM KCl, 5 mM MgCl2	6	atmospheric atm	298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.851	Brunger, A.T	構造決定
X-PLOR	3.851	Brunger, A.T	精密化

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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