PDB-1kp9: Crystal structure of mycolic acid cyclopropane synthase CmaA1, ap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kp9

タイトル

Crystal structure of mycolic acid cyclopropane synthase CmaA1, apo-form

要素

CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 1

キーワード

TRANSFERASE / mixed alpha beta fold / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase / cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase activity / mycolic acid biosynthetic process / S-adenosylmethionine metabolic process / lipid biosynthetic process / methylation / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Huang, C.-C. / Smith, C.V. / Jacobs Jr., W.R. / Glickman, M.S. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of mycolic acid cyclopropane synthases from Mycobacterium tuberculosis
著者: Huang, C.-C. / Smith, C.V. / Glickman, M.S. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2001年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1kp9.cif.gz	121.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1kp9.ent.gz	94.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1kp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1kp9_validation.pdf.gz	384.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1kp9_full_validation.pdf.gz	398.3 KB	表示
XML形式データ	1kp9_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	1kp9_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/1kp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/1kp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kpgC 1kphC 1kpiC 1l1eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5moc-d 6sio-d 1ijl-d 1obd-d 6yq2-d 7nfw-d 6rl3-d 6rkm-d 6rl4-d 4dhs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Rv3392c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 1

B: CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 1

ヘテロ分子

65.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.342, 73.812, 76.043
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.07, 90.00
Int Tables number	4
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CYCLOPROPANE-FATTY-ACYL-PHOSPHOLIPID SYNTHASE 1 / E.C.2.1.1.79 / CYCLOPROPANE FATTY ACID SYNTHASE / CFA SYNTHASE / CYCLOPROPANE MYCOLIC ACID SYNTHASE / cmaA1 分子量: 32497.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: cmaA1 / プラスミド: pET30b(cmaA1) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q11195, UniProt: P9WPB7*PLUS, cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.81 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, sodium acetate, MES , ammonium acetate, 1,6-hexadiol, pH 6.5, EVAPORATION at 292K

結晶化

*PLUS

温度: 19 ℃ / 手法: batch method

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	7-10 mg/ml	protein	1	1
2	22 %	PEG4000	1	1
3	0.2 M	MES	1	1	pH6.5
4	0.3 M		1	1		CH3CO2NH4
5	3 %	1,6-hexanediol	1	1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月15日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 23312 / Num. obs: 23312 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.94 % / B_iso Wilson estimate: 20.8 Å² / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / R_sym value: 0.183 / % possible all: 73.2
反射	PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 45181 / R_merge(I) obs*: 0.062
反射シェル	PLUS % possible obs: 73.2 % / R_merge(I) obs*: 0.183

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1.1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.21→29.29 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Data cutoff high absF: 330464.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: CNS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	2184	9.8 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.2	22287	83 %	-
all	-	23312	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 29.267 Å² / k_sol: 0.295527 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.62 Å²	0 Å²	7.77 Å²
2-	-	-0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.13 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.33 Å	0.25 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.32 Å	0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→29.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4288	0	0	205	4493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.72
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.45	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.39	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.04	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.92	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.34 Å / R_factor R_free error: 0.02 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	241	9.1 %
R_work	0.242	2404	-
obs	-	-	59.1 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	OAC.PAR	OAC.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 / % reflection R_free: 10 % / R_factor obs: 0.2 / R_factor R_work: 0.2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 36.1 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.0067
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.27
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	22.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.72
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.45	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.04	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.39	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.92	2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.304 / % reflection R_free: 9.1 % / R_factor R_work: 0.242

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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