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万見
- PDB-1knx: HPr kinase/phosphatase from Mycoplasma pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1knx
タイトルHPr kinase/phosphatase from Mycoplasma pneumoniae
要素Probable HPr(Ser) kinase/phosphatase
キーワードtransferase/hydrolase / HPr kinase / Hpr kinase/phosphatase / HPrK/P / kinase / phosphatase / P-loop / WALKER A BOX / CATABOLITE REPRESSION / transferase-hydrolase COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの / regulation of carbohydrate metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / phosphorelay sensor kinase activity / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
HprK N-terminal domain-like / HPr(Ser) kinase/phosphorylase / HPr(Ser) kinase/phosphorylase, N-terminal / HPr Serine kinase N terminus / HPr kinase/phosphorylase, C-terminal / HPr Serine kinase C-terminal domain / HPr(Ser) kinase/phosphorylase-like, N-terminal domain superfamily / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...HprK N-terminal domain-like / HPr(Ser) kinase/phosphorylase / HPr(Ser) kinase/phosphorylase, N-terminal / HPr Serine kinase N terminus / HPr kinase/phosphorylase, C-terminal / HPr Serine kinase C-terminal domain / HPr(Ser) kinase/phosphorylase-like, N-terminal domain superfamily / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HPr kinase/phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Allen, G.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of HPr Kinase/Phosphatase from Mycoplasma pneumoniae
著者: Allen, G.S. / Steinhauer, K. / Hillen, W. / Stulke, J. / Brennan, R.G.
履歴
登録2001年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable HPr(Ser) kinase/phosphatase
B: Probable HPr(Ser) kinase/phosphatase
C: Probable HPr(Ser) kinase/phosphatase
D: Probable HPr(Ser) kinase/phosphatase
E: Probable HPr(Ser) kinase/phosphatase
F: Probable HPr(Ser) kinase/phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,6626
ポリマ－211,6626
非ポリマー00
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28580 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area73680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.734, 127.845, 170.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Probable HPr(Ser) kinase/phosphatase


分子量: 35276.969 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P75548, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...参照: UniProt: P75548, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: PEG 8000, sodium chloride, magnesium chloride, tris, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 詳細: Steinhauer, K., (2002) Acta Crystallogr., D58, 515.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
14 %PEG80001reservoir
220 mM1reservoirMgCl2
350 mMTris-HCl1reservoirpH7.6
40.8 M1reservoirKClor NaCl
57 mg/mlHPrK/P1drop
610 mMTris-HCl1droppH7.5
70.6 M1dropNaCl
81 mMAMPPCP1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.8856
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 91137 / % possible obs: 97.1 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.418 / % possible all: 94.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.49 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 347151
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.8 % / Rmerge(I) obs: 0.418

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータスケーリング
d*TREKデータ削減
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→29.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 225180.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 4109 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.224 81806 91.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.3269 Å2 / ksol: 0.35087 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.71 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---8.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14435 0 0 282 14717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.592.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 630 5 %
Rwork0.29 11904 -
obs--85 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.49 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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