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- PDB-1knb: CRYSTAL STRUCTURE OF THE RECEPTOR-BINDING DOMAIN OF ADENOVIRUS TY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1knb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE RECEPTOR-BINDING DOMAIN OF ADENOVIRUS TYPE 5 FIBER PROTEIN AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION
要素ADENOVIRUS TYPE 5 FIBER PROTEIN
キーワードCELL RECEPTOR RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid, fiber / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Xia, D. / Henry, L.J. / Gerard, R.D. / Deisenhofer, J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of the receptor-binding domain of adenovirus type 5 fiber protein at 1.7 A resolution.
著者: Xia, D. / Henry, L.J. / Gerard, R.D. / Deisenhofer, J.
#1: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1994
タイトル: Characterization of the Knob Domain of the Adenovirus Type 5 Fiber Protein Expressed in Escherichia Coli
著者: Henry, L.J. / Xia, D. / Wilke, M.E. / Deisenhofer, J. / Gerard, R.D.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure of Adenovirus Fiber: Morphology of Single Fibers
著者: Ruigrok, R.W.H. / Barge, A. / Albiges-Rizo, C. / Dayan, S.
履歴
登録1995年1月6日処理サイト: BNL
改定 1.01995年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENOVIRUS TYPE 5 FIBER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2571
ポリマ－21,2571
非ポリマー00
水2,612145
1
A: ADENOVIRUS TYPE 5 FIBER PROTEIN

A: ADENOVIRUS TYPE 5 FIBER PROTEIN

A: ADENOVIRUS TYPE 5 FIBER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7703
ポリマ－63,7703
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x+1/2,-y+3/21
crystal symmetry operation11_466y-1/2,-z+3/2,-x+11
単位格子
Length a, b, c (Å)86.400, 86.400, 86.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 447

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要素

#1: タンパク質 ADENOVIRUS TYPE 5 FIBER PROTEIN


分子量: 21256.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
属: Mastadenovirus / 生物種: Human adenovirus C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11818
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17-10 mg/mlprotein1drop
22 %(v/v)PEG4001drop
330 %ammonium sulphate1drop
40.1 Mimidazol1drop
52 %(v/v)PEG4001reservoir
630 %ammonium sulphate1reservoir
70.1 Mimidazol1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→12 Å / Num. obs: 17633 / % possible obs: 73.9 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.158 / Rfactor obs: 0.158 / 最高解像度: 1.7 Å
詳細: IN THE MONOMER STRUCTURE, THERE ARE TWO REGIONS WHERE B FACTORS ARE HIGH. ONE REGION IS FROM 396 - 397 WHICH IS LOCATED AT THE N-TERMINUS. THE OTHER REGION IS BETWEEN BETA STRANDS H AND I FOR RESIDUES 540 - 546.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1742 0 0 435 2177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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