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- PDB-1kmy: Crystal Structure of 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase Comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kmy
タイトルCrystal Structure of 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase Complexed with 2,3-dihydroxybiphenyl under Anaerobic Condition
要素2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / 2 / 3-dihydroxybiphenyl
機能・相同性
機能・相同性情報


biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase / biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase activity / : / xenobiotic catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase ...2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIPHENYL-2,3-DIOL / : / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / Biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Han, S. / Bolin, J.T.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Molecular basis for the stabilization and inhibition of 2, 3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase by t-butanol.
著者: Vaillancourt, F.H. / Han, S. / Fortin, P.D. / Bolin, J.T. / Eltis, L.D.
#1: ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Definitive Evidence for Monoanionic Binding of 2,3-dihydroxybiphenyl to 2,3-dihydroxybiphenyl Dioxygenase from UV Resonance Raman Spectroscopy, UV/Vis Absorption Spectroscopy, and Crystallography.
著者: Vaillancourt, F.H. / Barbosa, C.J. / Spiro, T.G. / Bolin, J.T. / Blades, M.W. / Turner, R.F.B. / Eltis, L.D.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of the Biphenyl-cleaving Extradiol Dioxygenase from a PCB-degrading Pseudomonad.
著者: Han, S. / Eltis, L.D. / Timmis, K.N. / Muchmore, S.W. / Bolin, J.T.
#3: ジャーナル: Handbook of Metalloproteins / 年: 2001
タイトル: 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase.
著者: Bolin, J.T. / Eltis, L.D.
履歴
登録2001年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6944
ポリマ－32,3781
非ポリマー3163
水2,072115
1
A: 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,55032
ポリマ－259,0218
非ポリマー2,52924
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area24520 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area78210 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.3, 123.3, 110.9
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細The biological assembly is a homo-octamer generated by crystallographic symmetry

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要素

#1: タンパク質 2,3-DIHYDROXYBIPHENYL 1,2-DIOXYGENASE / Biphenyl-2 / 3-diol 1 / 2-dioxygenase / DHBD


分子量: 32377.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: LB400
解説: HYPEREXPRESSED IN THE PARENT STRAIN. (This organism has been reclassified. Prior publications may refer to this source as Pseudomonas sp. strain LB400.)
遺伝子: BPHC / プラスミド: PLEBD4 / 発現宿主: Burkholderia cepacia (バクテリア) / 参照: UniProt: P47228, biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-BPY / BIPHENYL-2,3-DIOL / 2,3-ジヒドロキシビフェニル


分子量: 186.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O2
#4: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, t-butanol, 2,3-dihydroxybiphenyl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 28856 / Num. obs: 28856 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 34.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 2728 / % possible all: 95.2
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HAN

1han


解像度: 2→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: All Fe-ligand bond distances were harmonically restrained to an equilibrium distance of 2.2 Angstroms using a weak force constant of 10 kcal/(mole x Angstrom-squared). Bond length, bond ...詳細: All Fe-ligand bond distances were harmonically restrained to an equilibrium distance of 2.2 Angstroms using a weak force constant of 10 kcal/(mole x Angstrom-squared). Bond length, bond angle, and planarity restraints similar to those used for aromatic side chains were applied to het group BPY. The torsion angle between the rings of BPY was unrestrained.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1663 -RANDOM
Rwork0.163 ---
all0.203 28098 --
obs0.198 28098 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2216 0 20 115 2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.488
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.464
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.341
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it21
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.71
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it1.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.03 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 62 -
Rwork0.238 --
obs-941 89.2 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection obs: 26435 / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.161
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.464
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.341
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it21.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.72
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rfactor Rfree: 0.25 / Num. reflection Rfree: 62 / Rfactor Rwork: 0.238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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