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- PDB-1klc: SOLUTION STRUCTURE OF TGF-B1, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1klc
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF TGF-B1, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA 1
キーワードGROWTH FACTOR / MITOGEN / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / frontal suture morphogenesis / regulation of enamel mineralization ...adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / frontal suture morphogenesis / regulation of enamel mineralization / regulation of cartilage development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulatory T cell differentiation / regulation of blood vessel remodeling / tolerance induction to self antigen / regulation of striated muscle tissue development / regulation of protein import into nucleus / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / embryonic liver development / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / Langerhans cell differentiation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of odontogenesis / positive regulation of exit from mitosis / extracellular matrix assembly / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / odontoblast differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / mammary gland branching involved in thelarche / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / retina vasculature development in camera-type eye / membrane protein intracellular domain proteolysis / response to laminar fluid shear stress / heart valve morphogenesis / positive regulation of vasculature development / bronchiole development / hyaluronan catabolic process / ATP biosynthetic process / positive regulation of extracellular matrix assembly / receptor catabolic process / lens fiber cell differentiation / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of extracellular matrix disassembly / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type II transforming growth factor beta receptor binding / oligodendrocyte development / germ cell migration / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of mononuclear cell migration / response to salt / type I transforming growth factor beta receptor binding / phospholipid homeostasis / positive regulation of chemotaxis / endoderm development / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of vascular permeability / digestive tract development / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / cell-cell junction organization / response to vitamin D / positive regulation of regulatory T cell differentiation / response to cholesterol / negative regulation of interleukin-17 production / surfactant homeostasis / deubiquitinase activator activity / negative regulation of ossification / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / phosphate-containing compound metabolic process / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / aortic valve morphogenesis / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / ureteric bud development / sprouting angiogenesis / face morphogenesis / neural tube development / negative regulation of phagocytosis / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of neuroblast proliferation / macrophage derived foam cell differentiation / lung alveolus development / Syndecan interactions / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / muscle cell cellular homeostasis / negative regulation of cell-cell adhesion / negative regulation of fat cell differentiation / odontogenesis of dentin-containing tooth / T cell homeostasis
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Hinck, A.P. / Archer, S.J. / Qian, S.W. / Roberts, A.B. / Sporn, M.B. / Weatherbee, J.A. / Tsang, M.L.-S. / Lucas, R. / Zhang, B.-L. / Wenker, J. / Torchia, D.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Transforming growth factor beta 1: three-dimensional structure in solution and comparison with the X-ray structure of transforming growth factor beta 2.
著者: Hinck, A.P. / Archer, S.J. / Qian, S.W. / Roberts, A.B. / Sporn, M.B. / Weatherbee, J.A. / Tsang, M.L. / Lucas, R. / Zhang, B.L. / Wenker, J. / Torchia, D.A.
履歴
登録1996年1月16日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA 1
B: TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6202
ポリマ－25,6202
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 33
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA 1 / TGF-B1


分子量: 12809.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 MM (IN DIMER), PH 4.2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: OVARY
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01137
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THIS ENTRY CONTAINS MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE. 1 MM (IN DIMER).

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試料調製

試料状態pH: 4.2 / Temperature units: K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
XPLOR3.1構造決定
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 33 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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