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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kkt | |||||||||
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タイトル | Structure of P. citrinum alpha 1,2-mannosidase reveals the basis for differences in specificity of the ER and Golgi Class I enzymes | |||||||||
要素 | Mannosyl-oligosaccharide alpha-1,2-mannosidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / (alpha/alpha)7-barrel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase / mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity / protein glycosylation / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Penicillium citrinum (シトリナム黄変米菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Lobsanov, Y.D. / Vallee, F. / Imberty, A. / Yoshida, T. / Yip, P. / Herscovics, A. / Howell, P.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Structure of Penicillium citrinum alpha 1,2-mannosidase reveals the basis for differences in specificity of the endoplasmic reticulum and Golgi class I enzymes. 著者: Lobsanov, Y.D. / Vallee, F. / Imberty, A. / Yoshida, T. / Yip, P. / Herscovics, A. / Howell, P.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kkt.cif.gz | 203.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kkt.ent.gz | 163.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kkt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kkt_validation.pdf.gz | 730.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1kkt_full_validation.pdf.gz | 748.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1kkt_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kkt_validation.cif.gz | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/1kkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/1kkt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56626.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Penicillium citrinum (シトリナム黄変米菌) 遺伝子: msdC / プラスミド: pTAPM1 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株 (発現宿主): MS2 参照: UniProt: P31723, mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 6000, potassium phosphate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年2月26日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 49814 / Num. obs: 49814 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.49 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / Num. unique all: 2151 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 60.1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 49836 / Num. measured all: 174227 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 60.1 % / Rmerge(I) obs: 0.243 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1DL2 and 1FM1 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.193 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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