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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kkl | ||||||
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タイトル | L.casei HprK/P in complex with B.subtilis HPr | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / HYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / phosphorylation / protein kinase / bacteria / protein/protein interaction / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of carbohydrate utilization / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの / regulation of carbohydrate metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / phosphorelay sensor kinase activity / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding ...regulation of carbohydrate utilization / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの / regulation of carbohydrate metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / phosphorelay sensor kinase activity / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fieulaine, S. / Morera, S. / Poncet, S. / Galinier, A. / Janin, J. / Deutscher, J. / Nessler, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure of a bifunctional protein kinase in complex with its protein substrate HPr. 著者: Fieulaine, S. / Morera, S. / Poncet, S. / Mijakovic, I. / Galinier, A. / Janin, J. / Deutscher, J. / Nessler, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 482.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 509 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22679.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PTSK / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9RE09, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの), 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q9RE09, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの), 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 10704.007 Da / 分子数: 3 / Mutation: G85R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG-400, Hepes, CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月23日 |
放射 | モノクロメーター: diamond (111), Ge (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 23732 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 99.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 99.7 % / Num. measured all: 392766 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JB1 and 1SPH 解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.43 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.54 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.84 Å /
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.264 / Rfactor Rwork: 0.213 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.381 / Rfactor Rwork: 0.342 |