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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kkc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Aspergillus fumigatus MnSOD | ||||||
![]() | Manganese Superoxide Dismutase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Homotetramer | ||||||
機能・相同性 | ![]() IgE binding / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / manganese ion binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fluckiger, S. / Mittl, P.R.E. / Scapozza, L. / Fijten, H. / Folkers, G. / Grutter, M.G. / Blaser, K. / Crameri, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comparison of the crystal structures of the human manganese superoxide dismutase and the homologous Aspergillus fumigatus allergen at 2-A resolution. 著者: Fluckiger, S. / Mittl, P.R. / Scapozza, L. / Fijten, H. / Folkers, G. / Grutter, M.G. / Blaser, K. / Crameri, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 389.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 404.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24516.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.69 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: Prophysics XRM-216 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月23日 / 詳細: double-focusing mirror system |
放射 | モノクロメーター: ProPhysics MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 56622 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 34.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 56585 / Num. measured all: 257369 / Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 34.8 % / Rmerge(I) obs: 0.333 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: homology model 解像度: 2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 500 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.194 | ||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |