PDB-1kjv: TAP-B-associated rat MHC class I molecule

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1kjv

タイトル

TAP-B-associated rat MHC class I molecule

要素

Mature alpha chain of major histocompatibility complex class I antigen (HEAVY CHAIN)
beta-2-microglobulin
peptide NPR

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Peptide-MHC / Major Histocompatibility Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of store-operated calcium channel activity / : / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / DAP12 signaling / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway ...negative regulation of store-operated calcium channel activity / : / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / DAP12 signaling / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / : / aggrephagy / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / aggresome / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation / regulation of protein ubiquitination / autophagosome maturation / autophagosome assembly / autophagosome / polyubiquitin modification-dependent protein binding / regulation of macroautophagy / response to cadmium ion / response to endoplasmic reticulum stress / proteasome complex / positive regulation of protein ubiquitination / cellular response to iron ion / macroautophagy / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / kinase binding / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / cellular response to hypoxia / T cell differentiation in thymus / protein refolding / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / membrane => GO:0016020 / learning or memory / response to xenobiotic stimulus / immune response / protein domain specific binding / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / structural molecule activity / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Rudolph, M.G. / Stevens, J. / Speir, J.A. / Trowsdale, J. / Butcher, G.W. / Joly, E. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of two rat MHC class Ia (RT1-A) molecules that are associated differentially with peptide transporter alleles TAP-A and TAP-B.
著者: Rudolph, M.G. / Stevens, J. / Speir, J.A. / Trowsdale, J. / Butcher, G.W. / Joly, E. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2001年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年12月21日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb1kjv.ent.gz	148.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	1kjv_full_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示
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CIF形式データ	1kjv_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/1kjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/1kjv	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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wwPDB /

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「今月の分子」の関連する項目

#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (3)
#167 - 2013年11月
SNAREタンパク質 (SNARE Proteins)
類似性 (2)
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クラスリン (Clathrin)
類似性 (2)
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T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
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ヴォールト (Vaults)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#53 - 2004年5月
セルピン (Serpins)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Mature alpha chain of major histocompatibility complex class I antigen (HEAVY CHAIN)

B: beta-2-microglobulin

P: peptide NPR

ヘテロ分子

46.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.397, 50.522, 200.073
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mature alpha chain of major histocompatibility complex class I antigen (HEAVY CHAIN) / MHC class I RT1-A1c heavy chain 分子量: 33017.570 Da / 分子数: 1 断片: extracellular domain, residues 1-276 plus C-terminal His tag 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95565
#2: タンパク質	beta-2-microglobulin 分子量: 11783.478 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 21-119, numbered 2-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07151
#3: タンパク質・ペプチド	peptide NPR 分子量: 1014.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide was designed from biochemical studies. 参照: UniProt: Q9JJP9
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 26% PEG 4000, 0.2 M Li2SO4, 2% MPD, 0.1 M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

結晶化

*PLUS

温度: 17 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	15 mg/ml	protein	1	drop
2	26 %(w/v)	PEG4000	1	reservoir
3	0.2 M		1	reservoir	Li2SO4
4	2 %(v/v)	MPD	1	reservoir
5	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir		pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.95007 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月28日
放射	モノクロメーター: Si-111 double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95007 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→35 Å / Num. obs: 82429 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 32.4
反射シェル	解像度: 1.48→1.5 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2721 / R_sym value: 0.693 / % possible all: 100
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.049
反射シェル	PLUS % possible obs: 100 % / Num. unique obs: 2721 / R_merge(I) obs*: 0.693

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1ED3, molecule 1

1ed3

解像度: 1.48→34.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.101 / SU ML: 0.06 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19113	5912	7.6 %	RANDOM
R_work	0.16177	-	-	-
obs	0.16404	77790	94.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→34.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3226	0	20	424	3670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2927
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.556	1.955	4516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.172	3	6825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.698	3	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.241	15	637
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	715
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.3	631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.3	2887
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.357	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.098	0.3	12
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.25	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.207	0.3	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.18	0.5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.091	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.963	1.5	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.413	2	3145
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.072	3	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.049	4.5	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.157	2	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	5.102	2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.807	2	3247

LS精密化シェル

解像度: 1.48→1.5 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	391	-
R_work	0.223	-	-
obs	-	5114	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.1546	-7.8252	0.2009	7.1697	0.3731	1.4419	0.0963	0.5996	0.5396	-0.0701	-0.0928	-0.6216	-0.0198	0.2381	-0.0035	0.1063	-0.0081	0.001	0.0675	0.0036	0.1041	14.4962	18.2501	36.695
2	17.4828	-0.1066	-7.1797	15.7526	3.1043	8.663	0.0678	1.0199	-0.0083	-0.5209	-0.3787	1.5466	0.0841	-0.8776	0.3109	0.1423	0.0164	-0.0435	0.149	-0.0249	0.2442	-7.3624	23.3244	36.6738
3	15.6034	-2.8081	-2.7245	2.958	1.1195	2.3653	-0.0023	0.3852	-0.1073	-0.0106	0.0307	-0.0768	0.0316	0.1471	-0.0284	0.1054	0.0076	0.006	0.0375	-0.0137	0.07	9.2541	15.9427	34.9759
4	9.1782	-2.5034	-1.2046	4.4001	1.811	5.6834	-0.0034	0.421	0.0956	-0.0533	0.1473	-0.3534	0.0549	0.2967	-0.1439	0.1281	-0.0068	0.0022	0.0596	-0.0327	0.1086	10.8029	12.8336	32.3224
5	16.3731	-10.5503	-6.8904	7.53	4.5335	0.9413	0.1185	1.6378	-1.1651	-0.4364	-0.5848	0.7084	-0.0764	-0.5703	0.4663	0.3247	0.0105	0.0453	0.377	-0.1411	0.2986	8.617	7.0288	28.577
6	1.5054	-1.3007	-0.7656	8.7971	2.9275	2.0886	-0.0697	0.1216	-0.2056	-0.0156	0.0255	0.0066	0.0922	0.0372	0.0441	0.1132	-0.0106	-0.0013	0.0016	-0.0056	0.0508	3.7592	14.0874	42.8373
7	-0.7316	-1.2331	-0.7165	6.5929	3.6687	4.923	0.0953	0.2047	-0.0754	-0.188	-0.3842	0.5425	-0.0951	-0.4884	0.2889	0.1704	0.0226	-0.0051	0.0539	-0.0062	0.1221	-3.9361	34.3954	41.9069
8	8.1223	-6.038	3.7568	5.5815	-2.5013	0.4187	0.1933	0.5889	0.1545	-0.0235	-0.2992	-0.3937	0.0509	0.2127	0.1059	0.1361	0.012	-0.0095	0.0517	0.0079	0.1105	14.9185	21.0042	40.7786
9	28.5203	-18.6895	-22.7782	25.9579	26.5371	28.7352	0.1719	0.0401	1.2621	0.2005	0.1174	-1.6875	0.5351	1.2269	-0.2893	0.1684	0.0082	-0.049	0.2637	0.0971	0.2881	29.3619	16.5911	41.4445
10	18.1411	-14.0857	4.5206	13.3087	-3.255	1.6972	0.0138	0.3811	0.4782	0.1739	-0.1978	-0.639	-0.0356	0.2171	0.184	0.1452	-0.0033	-0.0078	0.0147	0.0042	0.0903	13.0217	26.5305	42.8949
11	4.2761	1.9635	0.5284	0.7743	0.8187	1.3801	0.0186	0.2149	0.2175	-0.0114	-0.0383	-0.064	-0.2047	0.1354	0.0197	0.1406	-0.0007	0.0025	0.0068	0.0009	0.0843	11.1716	32.2165	43.5293
12	12.1504	-7.7177	0.1246	10.7844	-1.4071	0.6328	0.1531	0.0615	0.1828	0.0335	-0.2561	-0.8114	-0.0882	0.1998	0.103	0.1659	-0.0365	-0.0366	0.0421	0.0001	0.1426	17.5636	30.6101	50.3932
13	4.6261	-4.5841	1.7181	13.546	-5.1833	6.035	0.0154	-0.5008	0.0649	0.4823	0.0235	-0.2041	-0.0631	0.0004	-0.0389	0.129	-0.0316	-0.0085	0.0442	-0.019	0.0839	9.6734	31.38	55.4199
14	2.9904	-3.0883	-2.3825	8.3286	4.081	7.2091	0.0225	-0.2175	-0.1176	0.4653	0.0548	-0.2208	0.2372	0.1619	-0.0773	0.145	-0.0134	-0.0551	0.0344	0.031	0.1523	17.5672	17.369	51.6524
15	4.8604	-0.1403	-0.2282	6.608	5.18	11.6665	-0.1058	0.524	-0.4413	-0.2859	0.1886	-0.6105	0.3429	0.541	-0.0827	0.1777	0.032	0.0494	0.1275	-0.0572	0.3072	22.4914	5.5541	35.6342
16	3.4096	3.4049	-7.3869	45.614	-40.5493	41.1745	-0.3203	0.1782	-0.5088	-1.6233	-0.1019	-0.0791	2.1382	0.0359	0.4221	0.253	0.0508	0.1385	0.271	0.0294	0.3776	26.6509	12.2764	16.9326
17	4.3179	-4.1725	1.9598	18.9661	-10.3868	9.463	-0.0024	0.6008	-0.0438	-0.6331	-0.2956	-0.116	0.4622	0.2258	0.298	0.1177	0.0008	0.0364	0.4271	0.0454	0.1229	25.9493	28.3929	2.9466
18	21.0844	-4.4908	8.5709	16.1639	-10.5779	8.8095	0.0682	0.1366	0.5123	0.4459	-0.1592	-0.2681	-0.2368	-0.3458	0.091	0.0845	0.006	0.0088	0.4859	0.1945	0.1388	23.7328	41.1737	0.87
19	5.0213	5.1079	-2.2093	17.5351	-11.5028	9.2461	-0.2642	0.5389	-0.2434	-0.2533	0.1368	0.0511	0.2816	0.0322	0.1274	0.0835	0.0136	0.0379	0.3119	0.0462	0.1126	24.6717	27.6103	8.0958
20	3.9073	4.1641	-0.9177	11.5159	-2.7399	7.2406	0.0772	-0.3121	-0.2546	0.4911	-0.3181	0.1889	0.0054	0.3159	0.241	0.0882	0.0283	0.0538	0.2632	0.1066	0.2434	25.0234	19.3466	20.8531
21	5.2345	3.8782	-1.4901	8.0303	-5.4591	7.9245	0.0105	-0.2433	-0.328	0.2492	-0.4399	-0.3137	-0.0963	0.3897	0.4294	0.0711	0.0152	0.0148	0.3167	0.1392	0.1795	33.698	31.3405	12.4142
22	41.769	-11.6996	-5.4677	7.8858	6.0694	17.2179	-0.4087	-1.1069	0.9646	0.3222	0.0203	0.1045	-0.5432	-0.1598	0.3884	0.1391	-0.0346	-0.0449	0.3491	0.1489	0.2565	37.5399	35.5641	14.141
23	9.5054	4.6512	-1.1902	7.6061	-2.5062	4.8723	0.051	-0.118	-0.0329	0.217	-0.195	-0.314	-0.3048	0.1899	0.144	0.0753	0.0344	0.0203	0.2632	0.0655	0.1485	20.7734	26.4466	16.967
24	4.3951	2.1347	-2.877	3.2473	-3.9135	4.3088	-0.0102	0.2195	-0.0379	0.1108	-0.2225	-0.1207	-0.1644	0.1564	0.2327	0.0776	-0.0014	-0.0004	0.2885	0.0984	0.1436	25.1365	31.504	10.8831
25	3.6815	-12.7271	-6.9193	8.3274	-6.1723	17.2317	0.1016	0.6598	0.1758	-0.8424	-0.1288	-0.2974	0.3794	0.8057	0.0271	0.1298	-0.0336	-0.0103	0.6361	0.2909	0.2808	33.0869	37.8926	-0.9521
26	6.1878	3.2852	-1.631	14.2521	-13.7318	12.7175	-0.2192	0.2521	-0.2673	-0.1405	-0.1591	-0.427	0.2631	0.1788	0.3782	0.0743	0.0185	0.0241	0.3835	0.1263	0.2131	35.4411	28.3626	9.7694
27	8.2015	3.4269	-2.0752	13.6034	-7.642	13.2515	-0.3291	-0.4779	-0.9372	-0.2786	-0.6619	-1.4007	0.6874	1.3243	0.991	0.127	0.0775	0.0694	0.4126	0.2242	0.4179	34.5624	17.2859	17.9153
28	15.1245	-0.8833	0.3557	6.4858	-5.3768	13.714	-0.122	0.9237	-0.7007	-0.4762	-0.0542	0.0093	0.9448	-0.1361	0.1762	0.2038	0.0308	0.0848	0.4573	0.041	0.2258	33.8391	25.789	2.5321
29	0.7418	-4.94	-7.3843	8.1758	14.5234	55.6547	-0.1665	-0.0384	0.3861	0.3824	0.1545	0.1351	-0.9989	0.3603	0.012	0.2598	-0.0273	0.0307	0.1508	0.0535	0.1972	7.1207	36.0327	28.8401
30	5.4894	-0.2379	-1.732	4.3268	2.5402	4.0345	-0.0394	0.5255	-0.0733	-0.2467	0.0805	-0.0824	-0.1677	0.1098	-0.0412	0.0916	-0.0028	0.0123	0.2387	0.0717	0.0806	11.2353	26.9253	13.1336
31	9.7503	0.9346	-0.3415	1.7703	-1.2044	-0.9248	-0.2725	1.6447	-1.1975	-0.578	0.0934	-0.2855	0.5736	0.298	0.1791	0.2955	-0.016	0.0656	0.5999	-0.1903	0.3109	14.0307	16.534	3.3515
32	4.0144	1.5879	-0.019	9.2493	10.5297	18.783	-0.0849	0.3394	-0.3306	-0.0226	0.1731	-0.1946	0.2476	0.1861	-0.0882	0.0821	-0.0019	0.0209	0.2102	0.0505	0.0903	9.2361	22.7725	14.9053
33	7.5879	1.3402	3.5973	3.5505	1.4489	8.5407	0.0757	0.0223	0.1935	0.1566	-0.0226	0.0578	-0.2622	-0.2492	-0.0531	0.1379	0.0109	0.0299	0.1247	0.0657	0.068	3.125	29.8102	26.8798
34	3.1676	0.6169	2.9097	1.3143	0.604	28.1204	-0.0694	0.5642	-0.0331	0.1242	0.1436	0.1004	0.3753	-0.269	-0.0742	0.0941	-0.0168	0.0023	0.2922	0.0692	0.0888	0.532	25.0126	10.9404
35	0.9943	-0.0735	1.9341	0.6383	0.0327	6.564	0.0698	0.3546	-0.1208	-0.0078	0.1669	0.0674	0.416	-0.1074	-0.2368	0.1254	-0.0332	0.001	0.2314	0.0508	0.1329	4.3771	23.0029	21.1698
36	5.2098	1.2661	4.4413	1.8227	3.371	21.6497	0.0739	0.463	-0.4023	-0.0078	-0.0874	-0.0427	0.6025	-0.0988	0.0136	0.1122	-0.0153	0.0236	0.2089	0.0135	0.1248	7.0965	19.7924	15.6593
37	1.0534	-3.6725	-0.3596	13.7844	0.9129	3.2531	-0.208	1.5217	-0.2288	-1.2704	0.3074	-0.2277	0.373	0.403	-0.0994	0.2778	-0.125	0.0374	0.7932	-0.0281	0.141	6.5603	23.6776	-0.9769
38	2.4109	-0.7644	-2.1835	1.3519	6.6592	20.7447	-0.1454	0.5171	0.2708	0.1279	0.0895	0.0371	0.1663	-0.4864	0.0559	0.0926	-0.0212	0.0112	0.2447	0.1302	0.1194	0.2905	30.4603	14.4379
39	4.7398	-0.073	3.6254	-0.0955	2.7679	23.0893	-0.0539	0.5123	1.043	0.0339	0.043	0.1093	-1.6513	-0.3637	0.0109	0.2387	0.0352	0.0614	0.1959	0.1275	0.2784	0.3559	37.4744	20.3582
40	26.3589	-6.331	-9.3641	5.3248	5.8328	10.4469	0.2677	0.8667	0.4966	-0.2337	0.0827	0.2308	-0.1272	0.1262	-0.3503	0.0693	0.0061	0.0024	0.2777	0.134	0.124	5.8401	32.5455	9.7711
41	35.4251	3.8556	-1.8268	3.5512	-8.6925	13.5668	-0.0358	1.5173	0.0606	-0.2215	0.2342	-0.3048	-0.0182	-0.0086	-0.1984	0.1144	0.0011	0.0353	0.4215	0.0543	0.1062	13.9889	27.9744	4.355
42	4.3251	-6.2873	-1.8969	13.8426	4.7265	1.7307	-0.0585	-0.1112	-0.1425	0.4179	0.0209	-0.0516	0.1385	0.0534	0.0376	0.1368	-0.0134	-0.0111	0.0114	0.0071	0.0813	8.8885	17.6744	48.8085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 12	1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	13 - 21	13 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	22 - 28	22 - 28
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	29 - 37	29 - 37
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	38 - 51	38 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	52 - 84	52 - 84
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	85 - 94	85 - 94
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	95 - 103	95 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	104 - 111	104 - 111
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	112 - 118	112 - 118
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	119 - 126	119 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	127 - 138	127 - 138
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	139 - 149	139 - 149
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	150 - 163	150 - 163
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	164 - 180	164 - 180
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	181 - 186	181 - 186
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	187 - 193	187 - 193
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	194 - 199	194 - 199
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	200 - 206	200 - 206
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	207 - 214	207 - 214
21	X-RAY DIFFRACTION	21	A	A	215 - 219	215 - 219
22	X-RAY DIFFRACTION	22	A	A	220 - 225	220 - 225
23	X-RAY DIFFRACTION	23	A	A	226 - 241	226 - 241
24	X-RAY DIFFRACTION	24	A	A	242 - 249	242 - 249
25	X-RAY DIFFRACTION	25	A	A	250 - 254	250 - 254
26	X-RAY DIFFRACTION	26	A	A	255 - 262	255 - 262
27	X-RAY DIFFRACTION	27	A	A	263 - 270	263 - 270
28	X-RAY DIFFRACTION	28	A	A	271 - 276	271 - 276
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	B	1 - 7	2 - 8
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	B	8 - 12	9 - 13
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	B	13 - 22	14 - 23
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	B	23 - 29	24 - 30
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	B	30 - 37	31 - 38
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	B	38 - 42	39 - 43
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	B	43 - 63	44 - 64
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	B	64 - 71	65 - 72
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	B	72 - 79	73 - 80
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	B	80 - 84	81 - 85
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	B	85 - 92	86 - 93
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	B	93 - 95	94 - 96
41	X-RAY DIFFRACTION	41	B	B	96 - 99	97 - 100
42	X-RAY DIFFRACTION	42	P	C	1 - 9	1 - 9

精密化

*PLUS

最低解像度: 35 Å / % reflection R_free: 7.5 % / R_factor R_free: 0.191 / R_factor R_work: 0.162

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.56

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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